El Sistema de Referencia La bioinformática es un intento de construir un marco razonable de pruebas, pruebas y datos, para permitir a los usuarios finales y los proveedores para probar el rendimiento de sus sistemas.
Lo que estamos tratando de hacer es crear un marco para las pruebas, y un conjunto básico de pruebas para que todos puedan descargar y utilizar para investigar los elementos específicos del desempeño de los sistemas.
Por otra parte, la fuente de estas pruebas están disponibles bajo licencia GPL, y se encuentra alojado en Bioinformatics.org y escalable Informática LLC La idea es permitir a los usuarios finales, los consumidores, los desarrolladores de sistemas, y otros para construir y utilizar fácilmente pruebas significativas por razones de medición y de ajuste .
Joe Landman de Scalable Informática LLC concibió la idea y escribió los códigos originales. Estamos buscando sugerencias adicionales de referencia de código, pruebas, conjuntos de datos, etc.
Pruebas de referencia actuales son varios NCBI BLAST se ejecuta, varias carreras HMMer, y una variedad de otros. Tenemos la intención de incluir ClustalW, X! Tandem, varios química, dinámica, y las pruebas correspondientes, así como varios otros.
Pruebas como LINPACK o HPL simplemente no proporcionan indicadores de resultados significativos o modelos predictivos para la informática de alto rendimiento. Por desgracia, ni hacer una serie de pruebas más recientes y enfocadas.
Esto es un problema, ya LINPACK y HPL probar específicamente el rendimiento en varias operaciones de la matriz, donde usted tiene patrones de acceso de memoria efectiva regulares y operaciones matemáticas específicas.
Estos códigos son más útiles para la comparación con los códigos con operaciones de punto flotante pesados, y el tráfico memoria intercalada. Estos códigos no fueron diseñados para la evaluación comparativa de sistemas integral, donde / S de disco, latencia de la memoria y otros factores contribuyen a los problemas de rendimiento.
Las mejores pruebas son los que son más similares a los códigos que se ejecutará en la máquina. Las pruebas a sí mismos deben ser aproximaciones razonables a una ejecución real de su código, utilizando datos reales. Puede que tenga que recortar de nuevo el fin de obtener tiempos de ejecución realistas.
Usted debe tener un subconjunto razonable de tamaños de datos. Una sola prueba no le dice cómo las escalas de su sistema, y una de las razones de la existencia de esta prueba es específicamente para permitir poner a prueba el rendimiento a la vez que aumenta los diversos aspectos de la carga de trabajo.
Rara vez se obtiene un sistema en reposo en un clúster, por lo que le recomendamos que intenta ejecutar en lo más realista un entorno operativo posible. Una línea de base en un sistema de reposo está muy bien, pero puede establecer sus expectativas injustificadamente.
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