cápside es una completa plataforma de código abierto que integra un oleoducto computacional de alto rendimiento para la identificación & nbsp secuencia de patógenos, y la caracterización de los genomas humanos y transcriptomas junto con una base de datos de resultados escalable y una aplicación de software basada en web fácil de usar para gestionar, consultar y visualizar los resultados.
Introducción
Usted necesitará una base de datos MongoDB, una 2.6+ instalación de Python y Apache Tomcat 6 +. Para más detalles, lea el wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What es nuevo en esta versión:
- Arreglos Mensaje de error cuando se ejecuta la resta y la alineación no se encuentra
- Más trabajo en la fijación de consultas de larga ejecución
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.4.2:
- Elimina MongoKit dependencia
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.4.1:
- Corrección de tiempo de espera de cursor para largas consultas estadísticas de funcionamiento
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.4.0:
- Estadísticas Adiciones mientras se ejecutan en lugar de todos al final
- Guarda identificación única de los genes como uid
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.2.7:
- Arreglos README
¿Cuál es nuevo en la versión 1.2.6:
- La resta filtra unmapped Cuando la construcción asignada lee
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.2:
- Utilidad para crear archivos FASTQ de lecturas no asignada
- Utilidad para volver intersección de archivos FASTQ
- Utilidad para regresar archivos FASTQ filtro
- Agregado mapq indicador de umbral para la resta
- Gbloader ahora puede cargar bacterias y hongos genomas
- Guarda secuencias del genoma a la base de datos utilizando GridFS
- Reducción de la memoria en el cálculo de las estadísticas
- uso subprocesos en lugar de os.system
- puntajes mapq necesita incluir 0
Filtro
¿Cuál es nuevo en la versión 1.1:
- Añade soporte para el par de gama lee
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.0.1:
- Se ha añadido soporte para la autenticación MongoDB
Requisitos :
- Python
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