CodonW

CodonW es un programa diseñado para simplificar el análisis multivariante (análisis de correspondencias) de uso de codón ácido y amino. También calcula índices estándar de uso de codones. Tiene tanto de menús y las interfaces de línea de comandos.
El proyecto CodonW fue escrito por John Peden en el laboratorio de Paul Sharp, Departamento de Genética de la Universidad de Nottingham. John está trabajando en genética humana y actualmente trabaja como gestor de bases ProCardis en el WTCHG en la Universidad de Oxford.
Aquí están algunas características clave de "CodonW":
· Escrito en ANSI C compatible
· Menú impulsada
· Amplio número de opciones de línea de comandos
· Código genético independiente
· No hay límites en
1. número de secuencias
Longitud 2. Secuencia
· Calcula los índices de uso del codón
Índice de adaptación codón: 1. CAI
2. Petimetre: Frecuencia de codones óptimos
3. Nc: Número efectivo de los codones
4. CBI: Codón Índice Bias
· Calcula índices de aminoácidos
Puntuación de 1. SALSA
2. Aromaticidad
· Calcula el análisis de correspondencias de
1. Uso Codón
2. RSCU (relativa codón sinónimo de uso)
3. Amino uso de ácido
· El análisis de correspondencias
1. puede incluir / excluir codones / aminoácidos
2. puede generar informes detallados de las tendencias
3. intentos de identificar codones óptimos automáticamente
4. puede permitir que los datos adicionales establece que añadir
5. registra cualquier número de tendencias
· Calcula parámetros de genes
Longitud 1. Gen
2. GC, GC3s y codón posición específica de G + C
3. Composición Dinucleotide (en los tres marcos de codones)
4. Amino uso de ácido
5. relativa el uso de aminoácidos
6. El uso de codones
7. relativa codón sinónimo de uso
· Conceptualmente Can traduce a secuencias de proteínas
· Formatea datos de secuencia
· Humano o una máquina de salida legible
· Puede concatenar genes (marco de lectura, mientras que la preservación) para calcular
1. Uso general codón
Contenido 2. GC
Composición 3. Dinucleotide
· Genera tablas de codón, aminoácido, o el uso de RSCU
· Incluso puede ayudarle a aprender el código genético.
· Y más