goby

gobio es una API de Python para la lectura de archivos de datos binarios creado usando el marco de gestión de datos del gobio de próxima generación.
Normalmente, este directorio viene como parte del paquete de gobio completa, disponible a partir de:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
El paquete completo incluye el código fuente Java. Si ha descargado el paquete de PyPI o alguna otra fuente específico de Python, puede haber recibido sólo la parte del código Python.
Desarrollo de advertencia
Las bibliotecas de Python gobio no son tan maduros como la implementación de Java. Puede ser más buggy y no está destinado a proporcionar al conjunto completo de características que se encuentran en la versión de Java.
Instalación:
& Nbsp; 1. Asegúrese de que tiene Python 2.5 o más reciente. En caso de duda, ejecute:
python -V
& Nbsp; 2. Descargue e instale los paquetes python requisito previo:
& Nbsp; 1. Buffers Protocolo
& Nbsp; Disponible desde http://code.google.com/p/protobuf/ o PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - reemplazo de Python para java.util.Properties
& Nbsp; Disponible desde http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Instale el paquete gobio:
python setup.py install
& Nbsp; Este paso puede requerir privilegios de superusuario.
Uso:
Scripts de ejemplo se proporcionan para demostrar cómo acceder al contenido de los archivos gobio en Python.
& Nbsp; * Aquí es cómo analizar un archivo alineación gobio:
& Nbsp; basename GobyAlignmentStats.py
(Los archivos basename.entries y basename.header deben salir.)
& Nbsp; * El siguiente comando imprimirá el contenido de un archivo de alineación como texto:
GobyAlignmentToText.py nombre base
& Nbsp; * El siguiente comando convertirá un compacto lee el archivo a formato fasta:
GobyCompactToFasta.py file.compact-lee
& Nbsp; * El siguiente comando imprimirá estadísticas sobre el contenido de un archivo compacto lee:
GobyReadsStats.py file.compact-lee

Requisitos :

• Python