lsim superposés densidades electrónicas macromoleculares y calcula una puntuación de similitud estructural. Sus cálculos escala linealmente con el tamaño de las moléculas que se comparan.
Las alineaciones lsim son conceptualmente no relacionado con elementos estructurales bioquímicos y, por lo tanto, son imparcial y apropiado para estudios de similitud de la proteína de estructura solamente.
Instalación:
Descomprimir el archivo de distribución:
tar -xzvf lsim-linux.tar.gz
Mover al directorio de archivos:
lsim.1.0.0 cd
Copiar, mover o vincular el lsim archivo ejecutable a un lugar adecuado -y asegurarse lsim es accesible a través del entorno variable PATH, por ejemplo:
lsim cp / usr / local / bin
Establecer LSIMDIR variable para que apunte al directorio lsim elegido, por ejemplo:
setenv LSIMDIR /home/olaguer/progs/lsim.1.0.0
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