MACS2

MACS2 es una herramienta de análisis de modelo basado en datos-chip Sec.
Con la mejora de las técnicas de secuenciación, la cromatina immunoprecipitation seguida de secuenciación de alto rendimiento (chip-Sec) se está volviendo popular para estudiar las interacciones proteína-ADN en todo el genoma. Para hacer frente a la falta de potente método de análisis-chip Sec, presentamos un nuevo algoritmo, llamado análisis basado en modelos de chip-Sec (MACS), para la identificación de factor de transcripción sitios de unión. MACS capta la influencia de la complejidad del genoma para evaluar la importancia de las regiones de chip enriquecidos, y MACS mejora la resolución espacial de los sitios de unión a través de la combinación de la información de posición tanto tag secuenciación y la orientación. . MACS se puede utilizar fácilmente para los datos del chip Sec solo, o con la muestra de control con el aumento de la especificidad

Requisitos :

• Python