Pathomx

Pathomx (anteriormente MetaPath) es un software gráfico de código abierto implementado en IPython, Qt y PyQt, diseñado desde el principio para actuar como una herramienta interactiva para la visualización y análisis de datos metabólicos bajo GNU / Linux y otros POSIX & nbsp; de funcionamiento sistemas. Fue diseñado inicialmente para ser utilizado para el procesamiento de la metabolómica data.Features en una serie de características glanceKey incluir soporte para la importación y exportación de RMN (Resonancia Magnética Nuclear) de datos, procesamiento de espectros, incluyendo la normalización, hurgar en la basura y la alineación, así como la visualización vía metabólica y la minería. Usted también será capaz de importar los datos genómicos y metabolómica través de varias rutas para la visualización de las vías especificadas.
Varias anotaciones de base de datos MetaCyc también están incluidos en la aplicación Pathomx, entre los que podemos mencionar los vínculos de unificación de bases de datos, sinónimos, así como vías asociadas y reacciones. Tenga en cuenta que la base de datos MetaCyc se deriva de la API pública.
La aplicación utiliza la potente base de datos MetaCyc para una rápida exploración de conjuntos de datos complejos, gracias a plugins extensible y configurable. Además, utiliza las bibliotecas NumPy y SciPy por número manipulación, Matplotlib para su representación gráfica, nmrglue para la importación de datos de RMN, d3.js para gráficos interactivos, y scikit-learn para el análisis estadístico methods.Under el capó y apoyó OSesLooking bajo el capó de Pathomx, podemos observar que la aplicación ha sido construida en shell de comandos IPython. También funciona bien con los sistemas operativos Microsoft Windows y Mac OS X, para los que está disponible para su descarga como paquetes binarios pre-construidos. Para GNU / Linux, el software se distribuye sólo como un archivo fuente gzipped compatible con las plataformas de hardware de 32 bits y de 64 bits.
Al usar Pathomx, los usuarios deben tener en cuenta que la aplicación hace uso de los datos de la base de datos vía MetaCyc en sí, que es parte de la familia BioCyc. El API MetaCyc se utiliza para generar la base de datos suministrada, que se almacena localmente

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• Se añadió un editor visual completamente nueva de arrastrar y soltar.
• Se le permite crear flujos de trabajo de análisis arrastrando herramientas en el área de trabajo, la edición de conexiones arrastrando las líneas de datos entre las herramientas, y el uso de puntos de vista en línea para obtener una visión general del proceso actual.
• Los datos pueden caer en el espacio de trabajo para la importación instante.
• También añadió vivo per-herramienta de progreso notificaciones, bares, e indicadores de estado.
• Los errores se señalan con texto de ayuda (tooltips sobre herramientas cuando indicaron rojo).

Requisitos :

• Graphviz