SSuMMo

SSuMMo es una biblioteca de funciones diseñadas alrededor iterativa usando hmmer asignar secuencias de taxones. & Nbsp; Los resultados son árboles muy comentadas muestran especies / distribución de género dentro de esa comunidad.
Programas incluidos en el código fuente incluyen herramientas para: -
- Construir una base de datos jerárquica de modelos ocultos de Markov - dictify.py;
- Asignar secuencias de nombres taxonómicos reconocidos - SSUMMO.py;
- Analizar la diversidad biológica, el uso de Simpson, Shannon y otros métodos- rankAbundance.py;
- Visualizar los resultados como cladogramas con una capacidad distinta para fácilmente cruzada comparar conjuntos de datos - comparative_results.py
- Convertir los resultados a formato phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Representación html build - dict_to_html.py.
- Curvas de rarefacción de la trama y el cálculo correspondiente índices de biodiversidad
Puede consultar el código fuente de Python aquí, en Google Code. La base de datos pre-compilados jerárquica de HMM, así como una base de datos SQL optimizado taxonomía (utilizado para deducir filas de cada taxón) se pueden descargar de: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Para instalar la información, por favor consulte el archivo README. Para información sobre el uso, hay un wiki (arriba), y un manual de usuario preliminar ha sido añadido al tronco svn

Requisitos :.

• Python