Staden Package

Staden paquete es un conjunto plenamente desarrollado de reunión secuencia de ADN (Gap4), edición y herramientas de análisis (SPIN) para Unix, Linux, MacOSX y MS Windows.
En el frente Gap4 ha habido varios menores unirse relacionados
mejoras en la forma en que las puntuaciones se une Encontrar une y la interna
funcionalidad del botón align en el Editor Unirse.
También de importancia para GAP4 son los diversos cambios a io_lib (la
biblioteca para todas las E / S para varios formatos de archivo de rastreo). Con la adición
de un nuevo programa hash_exp ahora permite archivos experimento sean
concatenados e indexado. La lista de nombres de archivo experimento
Stil debe ser suministrada a GAP4, pero siempre que el medio ambiente EXP_PATH
la variable se ha establecido correctamente GAP4 podrán a buscar individuo
secuencias fuera del archivo experimento concatenados
archivo. Mejoras en la interfaz de usuario para esto todavía tienen que ser
hecho.
454 archivos SFF están ahora mejor soportados. Los 454 índices defsult
ahora trabajar, aunque el programa hash_sff se puede utilizar para proporcionar una
estrategia alternativa de indexación (posiblemente más rápido en algunos casos).
Gap4 y trev también tienen otro estilo de visualización de rastreo en busca de rastros que
tienen 1 scan muestra (canales x4) por llamada base. En este caso se puede
También dibujar 4 valores de confianza en lugar de 1 por base. Estas habilidades
permitirá una mejor integración de Solexa traza cuando más fácilmente
disponible.
Además, por supuesto la mezcla habitual de correcciones de errores y ajustes menores. Vea el
registro completo cambio para obtener más información (a través de la web de SourceForge).
Otros cambios notables
Gap4