PASOS es un paquete de simulación estocástica exacto de sistemas de reacción-difusión en arbitrariamente complejas geometrías 3D. Nuestro algoritmo de simulación de núcleo es una implementación de SSA de Gillespie, extendió para hacer frente a la difusión de moléculas a través de los elementos de una malla tetraédrica 3D.
Si bien se ha desarrollado principalmente para la simulación de modelos detallados de vías de señalización en las dendritas neuronales y alrededor de las sinapsis, es una herramienta general y se puede utilizar para el estudio de cualquier vía bioquímica en la que se cree gradientes espaciales y la morfología de jugar un papel.
Hemos implementado PASOS como un conjunto de módulos de Python, lo que significa que los usuarios de STEPS pueden utilizar scripts de Python para controlar todos los aspectos de la creación de la modelo, lo que genera una malla, el control de la simulación y la generación y análisis de la producción. Las rutinas computacionales centrales todavía se implementan como módulos de extensión de C / C ++ para la velocidad máxima de la ejecución.
. PASOS se distribuye bajo licencia GPL v3
Requisitos :
- Python
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