tigreBrowser

tigreBrowser es una expresión navegador gen modelo para obtener resultados de paquete R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Instalación:
tigreBrowser requiere Python versión> = 2.5. tigreBrowser se puede instalar con el siguiente comando:
python setup.py install
Para obtener más información sobre la instalación de módulos de Python (por ejemplo, la instalación sin permisos de root sólo para el usuario actual), consulte http://docs.python.org/install/
servidor Comenzando
El servidor web incluido en tigreBrowser debe estar en ejecución para poder utilizar el navegador resultado real.
Usted necesitará un archivo de base de datos generada por el paquete R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Este paquete contiene un archivo de base de datos test 'database.sqlite' que se puede utilizar para probar tigreBrowser. La base de datos de prueba se ha generado mediante las instrucciones y datos de ejemplo incluidos en tigre paquete.
Ejecutar tigreServer.py para iniciar la interfaz gráfica de usuario del servidor. Con el fin de iniciar el navegador resultado, primero hay que seleccionar un archivo de base de las cuales se mostrarán los resultados. Esto se puede lograr mediante la selección de 'archivo de base de datos abierta "y elegir un archivo de base de datos. El archivo de base de datos no debe tener permisos de escritura. El servidor puede entonces iniciarse haciendo clic en "Iniciar servidor '. Al hacer clic, aparece una etiqueta debajo de los botones para mostrar la URL del navegador resultado.
El navegador resultado es ahora accesible en la URL mediante un navegador web normal. Instrucciones sobre el uso del navegador son en la siguiente sección de este manual. El navegador está disponible hasta que el servidor se detiene con el botón 'Detener servidor'.
tigreServer.py también se puede usar con una interfaz de línea de comandos. Iniciar la secuencia de comandos con la opción '--help' para más detalles.
¿Cómo utilizar el navegador
La selección del conjunto de datos
La selección de datos determina qué resultados serán visibles en la lista de resultados y en qué orden. La selección experimento conjunto se utiliza para seleccionar el conjunto de experimentos. Solamente los resultados de estos experimentos se muestran en el listado.
Siguiente en la selección de datos es la selección del factor de transcripción (TF) o conjunto de objetivos, en función de si el navegador resultado se establece en el modo Target o regulador clasificación de modo de clasificación (ver instalación). En el modo de clasificación de destino, la selección TF está disponible y los resultados listado contiene los resultados para diferentes objetivos con el TF dado. En el modo de rango regulador, se selecciona el conjunto de objetivos y la lista mostrará los resultados para los diferentes reguladores.
A medida que el número de resultados puede ser alto, los resultados podrían ser divididos en varias páginas. "Número de genes por página" selección se puede utilizar para ajustar el número de resultados mostraron. Puede ser útil para disminuir el número de resultados si se carga la página poco a poco debido a la gran cantidad de imágenes.
Por último, el orden en que se presentaron los resultados puede ser alterado con el "Ordenar por" selección. Los resultados se ordenarán descender por el criterio dado.
Filtración
Los resultados pueden ser filtrados por diferentes criterios. Uno puede, por ejemplo, mostrar sólo los resultados para los genes que tienen z-score superior a un determinado umbral.
Es posible combinar múltiples criterios a la hora de filtrar. Enlace "[+]" se puede utilizar para agregar otro criterio. Un criterio puede ser retirado del mismo modo usando "[-]" enlace (no mostrado cuando sólo hay un criterio). Cuando se utilizan varios criterios, un resultado de genes deben cumplir con todos los criterios que se mostró en el listado.
Filtrado se activa con "Aplicar filtros" casilla de verificación.
Destacando
Si los genes en la base de datos contienen datos suplementarios, los resultados se pueden destacar que el uso de datos. Las opciones disponibles se destacan mostraron con los colores asociados a esas opciones.
Las obras que destacan por mostrar cuadros de color por debajo de los nombres de la sonda en el listado resultado de los genes que tienen datos complementarios que coincida con la selección.
Búsqueda
Es posible resultados para los genes dados buscar. La búsqueda de obras de escribir comas separan lista de genes o sonda nombres al cuadro de búsqueda. Alias ​​gen también se pueden utilizar como una entrada de búsqueda.
Mostrando resultados
Los resultados para la selección dada de conjunto de datos, filtros, luces y búsqueda se mostraron cuando "Enviar" se hace clic en el botón. La base de datos será entonces preguntó por los resultados que coinciden con la selección determinada. "Reset" se puede utilizar para borrar todas las selecciones y los campos de texto.
La lista contiene los resultados de varias columnas. En la primera columna el nombre de la sonda se visualiza con un GENENAME asociado con la sonda. Junto al nombre de genes, es la figura de la expresión génica si uno se define en la base de datos. La siguiente columna contiene los resultados reales de los genes. Cualquier dato complementario también se muestra aquí. Experimento cifras se mostrarán junto a los valores de resultado.
. Por último, los parámetros del experimento, si se inserta en la base de datos, se mostrarán como una mesa junto a las cifras

Requisitos

• Python