NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit ofrece, bibliotecas públicas de dominio gratis, portátiles sin restricciones de uso. Funciona en Unix, MS Windows y plataformas de sistemas operativos de Mac:
ย ท Redes y Comunicación entre procesos (IPC) de la biblioteca con los adaptadores iostream
ย ท Biblioteca de subprocesos múltiples
ย ท CGI y Fast-CGI Biblioteca
ย ท Generación Biblioteca HTML
ย ท SQL Database Acceso a la Biblioteca
ย ท C ++ biblioteca de derivador para BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream adaptador / Wrapper
ย ท GZIP y BZ2 C ++ de Wrapper con adaptadores iostream
ย ท ASN.1 y serialización XML Biblioteca con C ++ Code Generator Tool (Datatool)
ย ท Fecha y Hora Biblioteca
ย ท Archivo Función Sistema de Bibliotecas
ย ท de línea de comandos Argumento, Configuración y Procesamiento Biblioteca Medio Ambiente
ย ท secuencia alineación algoritmos Biblioteca
ย ท Biblioteca BLAST Engine
ย ท Biológica Secuencias Recuperación y Biblioteca Procesamiento
ย ท FLTK Portátil y GUI basada en OpenGL y gráficos bibliotecas
Además de lo anterior, hay mucho bibliotecas más útiles, tanto de uso general y relacionada con la biotecnología que están en constante desarrollado, mantenido y utilizado en la producción de la vida real por cientos de aplicaciones independientes y Web y sus programadores (también cuentan en cientos).
Si usted es un desarrollador de C ++ se encuentra el carácter portátil de las bibliotecas de gran utilidad en la construcción de aplicaciones multiplataforma, incluso si usted no tiene mucho interés en Bioinformática. Bibliotecas como las que para el CGI / Fast-CGI, HTML, redes, acceso de base de datos SQL, ASN.1 y la serialización XML son propósito bastante general y se pueden utilizar en una variedad de aplicaciones fuera del dominio del problema Bioinformática.
El C ++ Toolkit sufre el desarrollo activo de las bibliotecas se construyen todas las noches. El código fuente está disponible libremente a través de FTP y CVS. La documentación para el Kit de herramientas de C ++ está disponible en línea en el formato NCBI Biblioteca y también libro como descargable en formato PDF de Acrobat

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• DESTACADOS:
• Agregado LDS2 (Local v.2 almacenamiento de datos) que se basa en SQLite3, cuenta con nuevas características y un mejor rendimiento. También implementado cargador de datos LDS2 utilizar LDS2 desde el Administrador de objetos.
• XmlWrapp -esta conveniente manejo API XML ha sido en su mayoría terminado (e incluso pulido).
• Implementado túnel y autorización de conexiones HTTP y un túnel de sockets seguros, a través de servidores proxy HTTP.
• CFormatGuess ahora permite distinguir entre GTF, GFF3 y GFF2. Es un cambio posiblemente romperse. Para más detalles, véase más adelante.
• partes principales implementadas de CFeatTree, la clase de organizar características definidas en una secuencia biológica en una jerarquía que refleja las relaciones entre padres e hijos (en base a los subtipos de características).
• CORELIB:
• Implementado conversión independiente de la Localidad de cadena para duplicar y la espalda; bibliotecas del núcleo modificadas para usarlo.
• NSTR :: Justify () - para el formateo de párrafos de texto
.
• CNcbiApplication - hacer FindProgramExecutablePath estática, y más robusto; agregar un método GetAppName alto nivel estático. Busque los archivos de configuración globales en más casos.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nuevo método de exponer la lógica para determinar qué archivo (si lo hay) para cargar
• CEnvironmentCleaner -. Nueva clase para desechar las variables de entorno no deseado
• CFileIO - volver a comportamiento original:. No cierre el identificador de archivo si se asigna a través de SetFileHandle ()
• SERIE:
• La serialización de objetos de datos AnyContent - fijo para reconocer y debidamente proceso atribuye en sus valores
.
• Se ha corregido la lectura de datos XML para asignar a un valor predeterminado elemento cuando no tiene contenido.
• Se ha añadido soporte para las secuencias de elementos, donde el elemento tiene un valor por defecto.
• Datatool:
• Se ha corregido la generación de código de:
• objetos de datos de elección;
• Tipos de datos binarios con atributos.
• conversión corregido de valores de tipo doble para preservar dígitos más significativos.
• CONNECT:
• Añadida la opción de socket keepalive (fSOCK_KeepAlive).
• prueba de conectividad Agregado NCBI (CConnTest).
• UTILIDADES:
• g_FindDataFile -. Nueva función para la localización de los archivos de datos en (configurable) ubicaciones estándar
• CChecksumStreamWriter -. Nueva clase para calcular la suma de comprobación de los datos escritos en una corriente
• g_GZip_ScanForChunks () - nueva API, para consultar las posiciones de flujo comprimido. Añadido aplicación para conseguir posiciones para gzip archivos separados dentro de archivos gzip concatenados.
• manipuladores corriente Añadido compresión / descompresión (incluyen / util / compresión / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {F / c} pp) actualizado, con un cambio posiblemente romperse. El propósito de esto es para permitir CFormatGuess distinguir entre GTF, GFF3, y GFF2. Actualmente agrupa todos esos formatos en un solo valor 'EGTF'. El valor de la vieja 'EGTF' (3) está siendo reemplazada por 'eGtf_POISONED', y no será devuelto de nuevo. El nuevo valor para 'EGTF' (21) significará un archivo que debería leer con CGtfReader (objtools / lectores / gtf_reader.hpp). El nuevo valor 'eGff3' (22) es para archivos destinados a ser leídos con CGff3Reader (objtools / lectores / gff3_reader.hpp), y 'eGff2' (24) es para archivos destinados a ser leídos con CGff2Reader (include / objtools / lectores /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBJETOS:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nuevo método para ayudar a colocar secuencias importadas de archivos FASTA con especificaciones estándar en más de contexto; envuelto por CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (igualmente nuevo).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Implementar o mejorar el reconocimiento de más prefijos (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-Ezzz, y IAA-IZZ, algunas de las cuales corresponden a la nueva posibilidad de DDBJ TPA datos WGS) y en mixtos TPA adhesiones de proteínas (la mayoría de EMBL, pero algunos de GenBank también).
• Distinguir maestros adhesiones WGS por un nuevo bit de bandera. Relájese excesivamente estricta lógica reconocimiento AP.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nueva funcionalidad para trabajar con identificadores de secuencia de texto sin formato, como factores de CFastaReader y generalizar algo
• SSeqIdRange - Nuevo tipo (con analizador y on-the-fly & quot; iterador & quot;) para trabajar con rangos de Sec-id, ya presente en algunos modificadores de origen defline FASTA
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Opcionalmente aceptar títulos personalizados para las secuencias individuales. Tag rangos de cadena negativa con los principales 'c de.

.
• CFastaReader - Apoyar rangos de cadena negativa y sintaxis brecha compacto de estilo defline de lentejuelas (?? & Quot; & gt; N & quot; donde N es un número; o & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALTO:
• Añadido de línea de comandos -num_domain_hits opción que limita el número de dominios conservados por secuencia utilizada en el cálculo de las limitaciones de alineación.
• Los árboles filogenéticos:
• Añadido mayor nivel de interfaz para el cálculo de árbol filogenético de la secuencia de alineaciones (por ejemplo BLAST y resultados cobalto). Clase CPhyTreeCalc calcula árbol filogenético, y CPhyTreeFormater imprime el árbol en formato Newick y Nexus.

BIBLIOTECAS
• BIO-OBJETO:
• CheckNumRows Implementadas () y otros métodos para alineaciones dispersas.
• Para reducir la huella de la memoria: añade ganchos leer para reducir la memoria utilizada por alineaciones después deserialización; Na-hebra ahora utiliza un byte de memoria cuando sea posible; Elección Score.value está incrustado en CPuntuacion.
• Capitalizar adhesión en CSeq_id :: getLabel ().

MANAGER
• BIO-OBJETO:
• métodos getter Añadido para los campos booleanos en CTableFieldHandle.
• Agregado GetBestGeneForFeat () basado en CFeatTree.
• Implementado GetBestOverlappingFeat () en CFeatTree.
• Alta rápido cscope :: GetTaxid ().
• carga a granel Implementado por acc / ver, gi, etiqueta y taxid.
• Añadido lagunas de longitud cero de verificación para CSeqMap y CSeqVector.
• Implementado GetLength () y GetCoverage () para lugares de bonos.
• Mejoras:
• método de ayuda añadida para llenar CFeatTree en el lugar.
• aceleró mapeo de lugares CSeq_loc_mix simples en CFeat_CI.
• clasificación estricta de características en CFeat_CI para evitar ambigüedades.
• getters CSeq_feat_Handle ahora trabajar con Seq-mesa incluye también.
• características Sec-mesa ahora soportan campos de usuario multi-nivel.
• El No-Sec hazaña SEQ-mesas son ahora reconocidos, incluso si se encuentra en trozo de división.
• aceleró CBioseq_Handle :: Addid ().
• Optimizado cscope :: AttachXxx ().
• Soporte división del llamado anotación.
• CSeqVector y CanGetRange de CSeqVector_CI () ahora devuelven false en lugar de lanzar una excepción.
• Permite especificar cómo lidiar con asas existentes en ResetHistory ().
• Optimizado re-crianza de los hijos si más características se añaden a CFeatTree.
• Añadido posibilidad de depurar cscope creación / supresión.
• Muchos cambios en la funcionalidad de limpieza de la C ++ para imitar la funcionalidad de limpieza que ya existe en C. Todavía hay más trabajo por hacer con BasicCleanup, pero se han logrado avances significativos. Poco se ha hecho para ExtendedCleanup hasta el momento.
• CSeq_loc_Mapper puede ahora ser inicializado con un GC-Asamblea.
• Corrección de errores:
• mapeo fijo de lugares de mezcla en cadena menos en CFeat_CI.
• Muchas correcciones en el camino CFeatTree vincula características.
• Varias correcciones de hilo de seguridad.
• typo Fijo prevenir añadiendo alinea y gráficos para CSeq_annot_EditHandle.
• Salvaguardia contra excepciones al ordenar características en CFeat_CI.
• GENBANK CARGADOR DE DATOS:
• anotaciones externas HPRD registrado.
• Añadido opcional param exclude_wgs_master en lectores pubseqos / pubseqos2.
• carga a granel Implementado por acc / ver, gi, etiqueta y taxid.
• Agregado CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Mejora:
• Uso granel solicitudes de carga en cscope :: GetBioseqHandles ().
• Estadísticas lector separadas por tipo de gotas cargadas.
• timestamp Añadido a los mensajes de depuración GenBank.
• Uso IConnValidator para abrir conexiones PubSeqOS.
• Añadido split-versión a las peticiones del pedazo y subclaves del pedazo en caché GenBank para evitar el uso de trozos equivocadas cuando se cambia el estado blob división en ID.
• Añadido nombres param menos confusas secundarias para tiempo de espera abierta.
• No se multiplica el número de intentos por número de conexiones.
• Test Manager OBJETO Y DEMO APLICACIONES:
• id2_fetch_simple -. Agregado opciones -ID acerca del arbitrarias SEC ID
• test_bulkinfo -. Nueva aplicación de prueba
• FASTA:
• funcionalidad mesa televisada C ++ se ha hecho más funcional como por parte del proyecto Bankit.
• asn2flat utilidad
• enorme cantidad de cambios a formateador flatfile para llevarlo mucho más cerca del estado para liberar listo (posiblemente liberar listo en este punto, a pesar de algunos problemas relativamente menores permanecen).
• XMLWRAPP:
• violación de segmento fijo en caso de tomar una referencia a la expresión XPath corriendo resultados.
• Añadido ayudantes para conseguir Identificación público, ID y el nombre DTD para subconjuntos externos e internos.
• Añadido métodos para buscar atributos de nodo.
• ejecución fijo de expresión XPath:. Ahora se inicia desde el nodo dado
• Fijo buscar atributos (incluidos por defecto) cuando se proporciona un espacio de nombres.
• Añadida la capacidad para ejecutar la expresión XPath y sin necesidad de registrarse, los espacios de nombres explícitamente.
• Añadida la capacidad para proporcionar contenedores para la recogida de los errores y advertencias al analizar los documentos.
• Añadida la capacidad para modificar los valores y espacios de nombres de atributos por defecto del nodo.
• Agregado posibilidad de probar si un atributo es por defecto.
• Agregado capacidad de insertar o quitar atributos, teniendo en cuenta sus espacios de nombres.
• Añadida la capacidad para despojar declaración XML cuando se guarda un documento.
• WindowMasker:
• añadido un nuevo formato de entrada, & quot; & quot ;; seqids con este formato de entrada, la entrada es un archivo que contiene un identificador de secuencia en cada línea, y el algoritmo utiliza el Administrador de Bio-Object para buscar las secuencias.
• Se ha añadido una nueva clase CWinMaskConfig, para el almacenamiento de todos los parámetros de configuración WindowMasker. La clase se puede utilizar para agregar los argumentos de línea de comandos necesarios para CArgDescriptions, y luego obtener los parámetros de configuración de los argumentos de la línea de comandos.
• MARCO BUILD (UNIX):
• Interpretar las especificaciones de línea de comandos de APP_PROJ o LIB_PROJ como una señal para limpiar otros * Ajustes _PROJ no también que allí se prestan. (Requiere GNU Make;. Construye con Sun make siguen trabajando como antes)
• Supply más objetivos en subdirectorios:. * _F (Utilizando archivos make locales planos producidos en la demanda, haciendo caso omiso de las dependencias en otras partes del árbol), * _fd (envolver el nivel superior Makefile.flat), clean_sources y purge_sources
• Configurar y sus scripts de conveniencia (compiladores / unix / sh *.):
• nueva bandera Notable --sin-3psw -. A no utilizar con cualquier software de 3 ª parte
• Ha añadido un cheque por GLEW.
• La mejora de los controles de Boost y OpenGL.
• Soporte especificar las rutas de ejecución en Darwin (Mac) con sistemas de cadenas de herramientas modernas.
• BLAST:
• En Darwin (Mac OS X), a construir sólo para procesadores Intel incluso en compilaciones de otra manera universal, debido a una limitación cadena de herramientas PowerPC.
• Se ha añadido soporte para la recuperación de NCBI Taxonomía ID para que el apoyo WindowMasker está disponible.
• Permita que la especificación de una secuencia de la consulta junto con el archivo de alineación de secuencias múltiples en PSIBLAST.
• Se ha añadido soporte de base de datos difíciles de enmascarar.
• Base de datos Añadido suave de enmascaramiento para las búsquedas traducidos.
• Se ha añadido soporte para BTOP (operaciones de rastreo BLAST) y consulta y longitud tema en el informe de tabla.
• aplicaciones de línea de comandos - permite PSIBLAST para buscar varias consultas, añadió -input_type opcional para makeblastdb
• Permitir el uso de mejor éxito y XML en modo blast2sequences.
• Mejora del rendimiento de formato para búsquedas remotas.
• makembindex ahora puede construir índice Megablast enmascarado directamente desde una base de datos de nucleótidos BLAST utilizando la información de enmascarar almacenada en la base de datos de BLAST. Esto se logra mediante la nueva -db_mask opción de línea de comandos para makembindex. La opción acepta el ID de número entero de la algoritmo de filtrado con el apoyo de la base de datos BLAST. La opción sólo puede aplicarse en conjunción con BLASTDB -iformat.
• Para ayudar al usuario en la búsqueda de los identificadores numéricos de algoritmos de filtrado con el apoyo de una base de datos BLAST, los -show_filters bandera se introduce. La aplicación de la bandera con BLASTDB -iformat y base de datos BLAST como insumo causa makembindex para emitir una lista de algoritmos de filtrado disponibles y de salida.
• APLICACIONES NetCache:
• NetCache se vuelve a trabajar para incluir las siguientes características:
• una mejor gestión de espacio en disco;
• trabajo de bloqueo con menos manchas, control de versiones se utiliza en lugar;
• escucha multi-puerto y la configuración por cliente diferenciador.

API
• NetCache y Icaché:
• Uso Uint8 todas partes para el tamaño de la gota.
• Permitir recuperación blob parcial.
• Introducido protección de contraseña blob; contraseñas vacías se tratan como ninguna contraseña.
• API nodo trabajadores:
• Nuevo parámetro para dar por terminado el nodo trabajador si su consumo de memoria excede el límite especificado (parámetro & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nuevo parámetro para dar por terminado el nodo trabajador si su tiempo de ejecución supera el límite especificado (parámetro & quot; total_time_limit & quot;)
.
• APLICACIONES GRID:
• netscheduled
• Se ha corregido un error que hacía que no respondió al comando eliminación de colas.
• remote_app
• parámetro de configuración Nuevo (& quot; tmp_dir & quot;). Para controlar cómo temporal se genera el nombre del directorio - para reducir su longitud
• Registro de error de escritura blob.
• netcache_control
• Permitir recuperación blob parcial.
• Nueva -remove comando para borrar manchas por sus identificadores.
• Nuevo parámetro para especificar -auth cadena de autenticación de usar.
• Nuevos comandos -reconf y -REINIT a los administradores de NetCache.
• netschedule_control
• Modo de compatibilidad habilitada para hacer el trabajo netschedule_control con nodos de trabajo mayores.
• cgi2rcgi.cgi
• No cree un blob NetCache vacía como un marcador para el mensaje de progreso.
• errores de registro de cuadrícula que se informa al usuario.
• Permitir espacios en el parámetro ID de trabajo.
• Soporte de salida de la información de estado de los trabajos en formato JSON.
• Permitir plantillas HTML personalizado para definir los errores GRID y otros eventos.
• Alta no-cache cabeceras HTTP para evitar el almacenamiento en caché de los resultados intermedios.
• ncfetch.cgi
• Nuevo parámetro para acceder manchas protegidos por contraseña.
• Interpretar parámetro extra & quot; nombre de archivo & quot; como un nombre de archivo para el archivo descargado.

¿Qué hay de nuevo en la versión 31 de diciembre 2008:

• Esta versión incluye un método para calcular la columna específica pseudocounts en PSI-BLAST.
• Se refactors la biblioteca servicios grid.
• Añade marco de prueba de unidad y el registro de errores para todas las clases de la API de archivos.
• Fija soporte pthread en IRIX. Se mejora el soporte de serialización XML.
• Fija soporte para Sybase.
• Se añade soporte para tablas de búsqueda más pequeños para consultas pequeñas.
• Se agrega una API para recuperar estadísticas loader GenBank.
• Se ha surtido otras mejoras, aceleraciones, y correcciones de errores.