Marvel Super Heroes y Street Fighter utiliza el mismo formato de etiqueta de equipo empleado anteriormente en X-Men y Street Fighter. Además de todas las características introducidas, el jugador ahora puede convocar a su pareja para realizar una de sus movimientos especiales sin cambiar su carácter controlado actualmente.
La mayoría de los personajes de Street Fighter del juego anterior regresaron, con la excepción de Cammy y Charlie, que se sustituyen por Dan y Sakura. Sin embargo, todos los personajes de X-Men desde el juego anterior (con la excepción de Cíclope y Wolverine) se sustituyen con los personajes de Marvel Super Heroes (y Omega Red de X-Men).
Al igual que en X-Men y Street Fighter, el modo de un jugador consiste en partidos contra otros TAG-equipos y una pelea de dos contra uno contra el Apocalipsis. Sin embargo, el partido contra el carácter predeterminado del jugador y su pareja se sustituye con otro partido de dos contra uno, esta vez contra una versión cyborg de Akuma. El personaje que ocupa el golpe final a la Cyber-Akuma tendrá su final jugó.
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