Open Babel

Open Babel es un código abierto, software de biblioteca colaborativa, libre y multiplataforma que ha sido diseñado para actuar como una caja de herramientas químico especialmente diseñado para reconocer numerosos idiomas de datos químicos. Simplemente es apodado y ldquo; El kit de herramientas de Química Abrir y rdquo;. Características de un glanceWith Abrir Babel, los usuarios serán capaces de buscar, analizar, convertir y almacenar datos de la química, la modelización molecular, bioquímica, así como otras áreas relacionadas. Es compatible con una amplia gama de formatos de archivo comunes, incluyendo química Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, SMILES, y CML.
Además, Open Babel ofrece soporte de herramientas, MIME química de un programador con todas las funciones, SMARTS matcher, átomo flexible / typer fianza, eliminación de hidrógeno y además, bitvector clase, matriciales y vectoriales transformaciones, así como una prueba molecular suite.Under el capó y apoyado operativo systemsOpen Babel está escrito enteramente en el lenguaje de programación C ++. It & rsquo; sa cierto software multiplataforma que soporta GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows y sistemas operativos Mac OS X. Ambos equipos de 32 bits y 64 bits son compatibles oficialmente en el momento de escribir this.Getting comenzó con Open BabelFirst lugar, le recomendamos que instale Abrir Babel mediante el uso de los paquetes binarios pre-construidos a partir de los repositorios de software por defecto de su distribución de Linux. Si su sistema GNU / Linux del doesn & rsquo; t tener el software abierto Babel en sus repositorios, entonces usted y rsquo; ll tiene que compilar e instalar la aplicación usando las fuentes universales Archivo previstas en Softoware.
Descargue el archivo tar (archivo tar.gz), extraerlo en un lugar de su elección, abrir un emulador de terminal, navegue a la carpeta extraída y ejecutar el y ldquo;. Cmake y rdquo; comando (sin las comillas) para configurar el proyecto. A continuación, debe ejecutar el y ldquo; hacer y rdquo; comando, sin comillas, por supuesto, para compilarlo. Por favor, asegúrese de que la herramienta CMake en instalado en el sistema operativo antes de las instrucciones anteriores

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• Este lanzamiento representa un importante-fix-versión de corrección y debe ser una actualización estable, muy recomendable para todos los usuarios Abierto de Babel. Muchos errores y mejoras se han añadido en el último año desde el lanzamiento 2.3.0.

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.2.2:

• Este lanzamiento representa un gran lanzamiento de corrección de errores y es una actualización estable, muy recomendable para todos los usuarios Abierto de Babel. Aunque puede que no haya muchas características nuevas, muchos accidentes y otros errores han sido corregidos desde 2.2.1.
• actualizado a la nueva versión InChI 1,02 para producir una salida InChI y InChIKey estandarizado.
• Fijo muchos errores estereoquímica al leer / escribir SONRISAS. Esto es parte de un proyecto más amplio que estará terminado en el comunicado de 2.3.
• compilación fijo e instalación de Cygwin y MinGW plataformas.
• Mejora significativa aromaticidad y asignación de bonos Kekulé.
• Mejora 2D - & gt; 3D coordinar generación
• Mejora coordinar generación mediante la operación de línea de comandos --gen3d
• Rendimiento mejorado para coordinar generación.
• Nueva --fillUC operación de línea de comandos de babel.
• Soluciones a errores en la adición de hidrógeno pH-dependiente.
• Se ha añadido soporte para la lectura de los datos de vibración de Molden, Molpro y NWChem archivos de salida.
• radios atómicos Actualización de los últimos cálculos teóricos.
• Solución de error al leer archivos Mol2 o XML comprimidos con gzip.
• Cerrar Los ficheros después de un error. Corrige un error con Pybel donde los archivos permanecerán abiertas.
• Muchas correcciones de errores y más pequeñas mejoras de las características. == == Nuevos Formatos de archivo de importación y exportación:
• Entrada y salida Molpro.
• VASP archivos de coordenadas (CONTCAR y POSCAR).

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.2.1:

• interfaces de scripting mejorado, incluyendo Python 3 apoyo y mejorado Java y C # apoyo.
• Se ha añadido soporte para las huellas dactilares MACCS. Gracias al proyecto RDKit.
• Muchas correcciones y mejoras en el código de campo de fuerza. En particular, la puesta en práctica de campo de fuerza UFF debe manejar muchas más moléculas.
• Mejora de coordenadas 3D generación, particularmente con fragmentos de anillo. Usted puede dar a esto un intento con la utilidad obgen.
• Se ha corregido un variedad de errores de importación de AP con tipos de átomos.
• Se ha añadido soporte para cargas y radios de formatos de archivo PQR lectura.
• Se ha añadido soporte para la lectura y escritura de celdas unitarias en formatos PDB.
• Nueva & quot; salida & quot; formato de archivo para tomar genérico & quot; & quot ;, .out & quot; & quot ;, .log y & quot; .dat & quot; archivos y la lectura con el tipo de archivo adecuado en función de los contenidos. Actualmente funciona muy bien para los paquetes de la química cuántica.
• Alta mejorado el manejo de errores y presentación de informes cuando no se puede cargar formatos de archivo.
• Soporte mejorado CIF formato de archivo.
• Muchas, muchas, muchas correcciones de errores adicionales y mejoras pequeñas.