Software captura de pantalla:
Detalles de software:
Versión: 1.5.13 Actualizado
Fecha de carga: 26 Apr 16
Promotor: The CDK Project
Licencia: Libre
Popularidad: 36
El Chemistry Development Kit (también conocido como CDK) es una plataforma independiente, libremente distribuido y software de biblioteca de código abierto implementado en Java y diseñado especialmente para la bioinformática estructural, quimioinformática y química computacional.
El proyecto se compone de varios algoritmos y estructuras de datos útiles adaptados específicamente para los programadores que quieren ahorrar una gran cantidad de tiempo y esfuerzo mediante la reutilización de código. El Kit de desarrollo de la química no está diseñado para ser utilizado por los usuarios finales.
Características de un vistazo
Las características clave incluyen soporte para leer y formatos de datos química escritura, soporte para la representación de estructuras químicas, apoyo a las QSAR (cuantitativa estructura y ndash; la actividad Relación). Descriptores, así como algoritmos incorporados para apoyar la teoría de grafos química
Para su comodidad, la aplicación se distribuye como binarios pre-construidos en el formato de archivo JAR. Para usarlo en su proyecto, sólo tiene que descargar la última versión estable de Softoware usando el enlace de arriba, donde también se puede encontrar el programa y rsquo;. S archivo fuente
Los programadores pueden encontrar información detallada sobre cómo compilar el programa de fuentes, cómo ejecutar varias pruebas, así como la manera de usarlo en otros programas en el archivo readme.txt que se encuentra dentro del archivo tar.gz.
Bajo el capó y sistemas operativos soportados
Echando un vistazo bajo el capó del software de CDK (Chemistry Development Kit), podemos mencionar que se ha escrito completamente en el lenguaje de programación Java.
En la actualidad, es totalmente compatible con versiones de 32 bits y 64 bits de GNU / Linux, Microsoft Windows y sistemas operativos Mac OS X. Sin embargo, debería funcionar en cualquier sistema operativo soportado por el entorno de ejecución de Java (JRE) & nbsp; y Java Development Kit (JDK) & nbsp; tecnologías
¿Qué hay de nuevo en esta versión:
- la carga formal del IAtomcontainer se transfiere a IMolecularFormula
- Solución de error 2787332 El conjunto de bonos de edad en el cálculo de los cargos Gasteiger se define en
- Se ha actualizado para corregir el bug 2788357 SMARTSQueryTool ahora atrapa TokenMgrError en la construc
- Alta nuevo taglet para procesar cdk.githash Javadocs de etiquetas y enlaces a fuentes de Git repo
- etiquetas cdk.svnrev Actualizado a cdk.githash etiquetas
- Bug_2787332. Añadido prueba para la molécula de Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Se ha quitado el código obsoleto procesador: o bien el uso de cdk-1.0.x o JChemPaint-primaria
- Añadido prueba para el bug 2786624 en el banco de pruebas analizador
- Añadidos enlaces a páginas PMD
- Se agregó un vínculo a las estadísticas de JUnit
- lista de clases añadidas en el módulo, con enlaces a la noche @ Pelé
- Agregado configurado para la creación de páginas HTML módulo
- Agregado configurado para la creación de páginas HTML módulo
¿Qué es la nueva en la versión 1.5.10:
- La carga formal del IAtomcontainer se transfiere a IMolecularFormula
- Solución de error 2787332 El conjunto de bonos de edad en el cálculo de los cargos Gasteiger se define en
- Se ha actualizado para corregir el bug 2788357 SMARTSQueryTool ahora atrapa TokenMgrError en la construc
- Alta nuevo taglet para procesar cdk.githash Javadocs de etiquetas y enlaces a fuentes de Git repo
- etiquetas cdk.svnrev Actualizado a cdk.githash etiquetas
- Bug_2787332. Añadido prueba para la molécula de Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Se ha quitado el código obsoleto procesador: o bien el uso de cdk-1.0.x o JChemPaint-primaria
- Añadido prueba para el bug 2786624 en el banco de pruebas analizador
- Añadidos enlaces a páginas PMD
- Se agregó un vínculo a las estadísticas de JUnit
- lista de clases añadidas en el módulo, con enlaces a la noche @ Pelé
- Agregado configurado para la creación de páginas HTML módulo
- Agregado configurado para la creación de páginas HTML módulo
¿Qué es la nueva en la versión 1.2.2:
- enlaces fijos. Subóptima, ya que el camino aún es que codifica a una única instancia por noche, pero no tenemos el marco XML sin embargo, para resumir las cosas sobre todas las nightlies (que se ejecuta
- número de versión actualizado
- Añadido de prueba para asegurar IAtomContainers no se coló a través de IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- sobrescritos addAtomContainer (IAtomContainer, doble) también, para lanzar una IllegalArgumentException cuando se pasa un no IMolecule
- Ahora lanza una IllegalArgumentException cuando se intenta almacenar un IAtomContainer que no es un IMolecule
- prueba de la unidad añadido para # 2784182
- nueva prueba con reserpina
- Añadido taglets para enhebrar la seguridad
- Con un átomo o menos, que definen su conexión, ya que no hay partición necesaria (corrige # 2784209, NullPointerException en IAtomContainer sin átomos)
- prueba de la unidad añadida para el bug # 2784209 pero no lo consigue actualmente
- Más eliminación de nombres de paquetes org.openscience.cdk explícita: lanza cláusulas
- Más eliminación de nombres de paquetes org.openscience.cdk explícita
- Más eliminación de nombres de paquetes org.openscience.cdk explícitas: para el nuevo org.openscience.cdk.Foo () llama
- Se ha quitado org.openscience.cdk.interfaces explícitas (corrige # 2783549)
- Se ha quitado los nombres de paquetes explícitos, a favor de las importaciones, por org.openscience.cdk en el módulo datadebug (corrige # 2783549)
- Se ha quitado los nombres de paquetes explícitos, a favor de las importaciones, por org.openscience.cdk en el módulo de datos (correcciones # 2783549)
- ruptura de la opción de recursividad en AllRingsFinder
- Extracción de la fórmula elemental cadena de la carga.
- Extracción de la fórmula elemental cadena de la carga.
- Controlador de la masa cuando está fuera de la gama
- Se ha actualizado para añadir inteligencia a un H del PLANAR3 N, correcciones de errores 2781199
- caso de prueba para el bug Añadido 2781199
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch incluyen ahora la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch ahora incluye la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch ahora incluye la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch ahora incluye la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch ahora incluye la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- llama a CDKException constructor de hecho dentro de un bloque catch ahora incluye la excepción de la raíz para preservar seguimiento de la pila
- añadida una prueba de unidad para asegurar que los campos se leen SD para todas las moléculas
- separarse de prueba
- nuevos archivos
- más pruebas para CML lectura
- prueba de la unidad Agregado para # 1848591: marco Murcko incorrecta
- Reparto fijo, retire redundante nombre completo del paquete
- prueba de la unidad añadido para # 2692107
- typo fijo: falta 's'
nombres de paquetes
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.2.1:
- Solución de error 2714283, que lanza una excepción cuando adecuadamente anillos no están bien cerradas. Si un anillo no está cerrada con el número de anillo apropiada, InvalidSmilesException es lanzada. Coincide con el comportamiento de verano
- Solución de error 2729120 y prueba unitaria añadido
- Comentario actualizado para corregir error 2.768.643.
- solución parcial para el bug 2719237. Hecho getBondOrderSum estática, prueba de la unidad añadida por ello
- TIPO: proteinl - & gt; proteínas
- Hecho clase pública, a unbreak de añadir a la acumulación / *. JavaFiles
- SMARTS parcialmente fijos a juego para R0. Actualización molécula diana de inicialización para indicar explícitamente los átomos no en un anillo y un átomo RingMembership también actualizado para hacer una comprobación explícita cuando se especifica R0. Parcialmente correcciones de errores 2587204
- Fijo prueba de igualdad dudosa. Un método privado estaba revisando los objetos de doble vía de referencia. Funcionó bien cuando eran nulas. Falla cuando tenemos que comparar por valor. Código se actualiza para tenerlo en cuenta. prueba de la unidad añadido (e hizo el método protegido para que pueda ser probada)
- método Añadido prueba de anotación. Se completa la cobertura para el módulo de datos
- ChiIndexUtils refactorizamos para que sea Programa privado. Se limpia API pública, ya que sólo se utiliza con el código del descriptor de chi. Actualizado todas las clases dependientes. código de prueba movido (que ha de ser llenado!), así
- código de limpieza de ChiIndexUtils. Convertido a 1,5 modismos
- limpieza de PathTools y ha añadido anotación método de prueba, por lo que el núcleo está completamente cubierta
- Se ha solucionado el anterior se comprometen a modificar la línea cdk.keyword, no la línea cdk.module
- Las palabras clave más utilizadas consistentes
- añadida una prueba para asegurar que los objetos enteros se comparan por su valor en lugar de referencia
- Ha añadido un caso de prueba para comprobar que las diferenciaciones de contenedores átomo son correctas al usar objetos deserializados
- Fijo IntegerDifference por lo que en realidad se comprueba el valor entero en lugar de referencias del objeto entero. Soluciona el problema por el que un objeto serializado en el disco y luego deserializarse no coincide con el objeto original (es decir, cadena de diff no vacío,)
- Aplicada parche # 2675819 (Stefan Kuhn): Parche para añadir un removeReaction a reactionSet
- Uso interfaz en lugar de aplicación
- Se ha quitado una importación sin utilizar
- Uso IAtomContainer en lugar de IMolecule, como el juego real es el uso de IAtomContainers ya (corrige # 2686249)
- Se ha corregido un ClassCastException (correcciones # 2685134)
- attrib fuente adicional para fijar la construcción de la Ubuntu .deb
- Fijo sistema de construcción Ayuda: utilizar frascos Doclet en develjar /; actualizado para la nueva carpeta src src / main; eliminado uso muy anticuado de rt.jar
- libdepends eliminarán incluyen a prueba-ioformats, que en realidad no tiene libdepends
- Actualización de modo que si un átomo de destino tiene ningún símbolo (como átomos de seudo) el partido devuelve falso (en lugar de un NPE)
- Fija el manejo adecuado de #n SMARTS querys
- caso de prueba para el bug Añadido 2686473
- Se agregó una nota en 1.7.1 Ant requerida
- Se ha corregido un fuente NPE: '== null 2' provoca una excepción, por lo que para la primera prueba nullness
- Fijo aviso de copyright para 2009
- fijo de almacenamiento duplicado de plantillas de diseño, que sólo tienen cabida en el módulo SDG, no demasiado módulo adicional
- Fusionar rama 'local1.2' de ../../ git-svn / cdk
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.2.0:
- corrige algunos SMARTS análisis sintáctico problema, el uso de dos -Carta símbolos y IPseudoAtom en el fingerprinter, y añade 4 nuevas definiciones de tipo de átomo, para el yodo y azufre.
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.1.5:.
- En su mayoría correcciones de errores
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.1.4:.
- todo en pequeñas correcciones de errores
¿Qué es la nueva en la versión 1.1.1:
- todo en pequeñas correcciones de errores y el código de limpieza general.
¿Qué hay de nuevo en la versión 1.1.0:.
- Muchos, muchos cambios
Requisitos
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
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