El juego tiene lugar en el centro turístico tropical de Isla Delfino, que tiene la forma de un delfín y comprende diez lugares primarios. La isla está habitada principalmente por las razas Piantas y Nokis. Delfino Plaza es la capital de la Isla Delfino y el cubo principal del juego. Mario establece para la Isla Delfino para unas vacaciones con la Princesa Peach, su mayordomo durante mucho tiempo Toadsworth, y algunos otros sapos, esperando para unas vacaciones relajantes. A su llegada, se encuentran con que la isla una vez prístina ha sido contaminado y cubiertas con graffiti. Como resultado de esta contaminación, objetos en forma de sol llamados "Sprites Shine", las fuentes de la isla de poder, han desaparecido, y la isla está cubierta de una sombra perpetua. El culpable visto difundir las pintadas se disfraza de Mario (en adelante, "Shadow Mario"). Mario es arrestado de inmediato a su llegada, falsamente acusado de destrozar la isla. Él es llevado a juicio, condenado, y se le ordenó limpiar el graffiti y recuperar los Sprites Shine. Para ayudar con la limpieza, Mario encuentra Fludd, un potente cañón de agua que se cargaba como una mochila. Mario se embarca en una aventura para limpiar su nombre y localizar el verdadero criminal, mientras que la restauración de la tranquilidad y el orden a Isla Delfino.
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