mpiBLAST es una implementación paralela basada MPI de NCBI BLAST. El proyecto consiste en un par de programas que sustituyen formatdb y blastall con las versiones que se ejecutan trabajos BLAST en paralelo en un clúster de ordenadores con MPI instalados. Hay dos ventajas principales de utilizar mpiBLAST frente BLAST tradicional.
En primer lugar, mpiBLAST divide la base de datos a través de cada nodo del clúster. Debido a que el segmento de cada nodo de la base de datos es menor por lo general puede residir en el buffer-cache, produciendo una aceleración significativa debido a la eliminación de disco E / S. En segundo lugar, permite a los usuarios BLAST para aprovechar, clusters eficientes de bajo costo Beowulf porque las demandas de comunicación entre procesadores son bajos.
mpiBLAST logra aceleración super-lineal en situaciones en las que la base de datos es demasiado grande para caber en la memoria RAM, y cerca de aceleración lineal en otras situaciones. No requiere un clúster dedicado.
Requisitos:
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