edittag

edittag es una colección de aplicaciones para el diseño de sistemas de edición métricas etiquetas de secuencias, comprobar las etiquetas de secuencias para la conformación de la edición métrica, y la integración de las etiquetas de secuencias a los adaptadores de secuenciación específicos de la plataforma y los cebadores de PCR. edittag se diferencia de otros enfoques:
& Nbsp; * edittag genera longitudes arbitrarias de-editar métrica etiquetas de secuencias en plazos razonables utilizando multiprocesamiento
& Nbsp; * edittag produce conjuntos de etiquetas de edición de secuencia métrica se ajustan a la distancia de edición seleccionado
& Nbsp; * edittag utilizado primer3 para integrar las etiquetas de secuencias de cebadores de PCR
Proporcionamos varios grandes conjuntos de editar métrica etiquetas de secuencias diseñadas usando edittag en los siguientes formatos:
& Nbsp; * texto - este archivo está en un formato apropiado para check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * base de datos SQLite
Cita
Faircloth BC, Glenn TC. Grandes conjuntos de-edit métrica identificación de la secuencia
etiquetas para facilitar la multiplexación a gran escala de lee de forma masiva
secuenciación paralela. doi_
Instalación:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install
repositorio
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
paquete opcional (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
paquete opcional (primer3)
Si desea diseñar cebadores incorporando editar métrica etiquetas de secuencias, es necesario instalar primero una versión modificada de primer3:
git git clone: ​​//github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
hacer
make install
Asegúrese de que usted se mueve los binarios de mod-primer3 a un lugar en tu camino (mover al menos primer3-largo y primer3_config en el mismo directorio en su camino). A continuación, puede ejecutar