BioRuby

BioRuby proporciona un entorno integrado de Bioinformática (Ciencia de información Biología).
Orientado a objetos lenguaje de programación Ruby tiene muchas características adecuadas para la investigación bioinformática, por ejemplo, la sintaxis clara para expresar objetos complejos, expresiones regulares para la manipulación de texto tan poderosos como Perl y rsquo; s, una gran variedad de bibliotecas incluyendo servicios web, etc.
Como la sintaxis de Ruby es simple y muy limpio, creemos que es fácil de aprender para los principiantes, fácil de usar para los biólogos, y también lo suficientemente potente como para los desarrolladores de software.
En BioRuby, el desarrollador puede recuperar entradas de bases de datos biológicos de archivos planos, servidores web de Internet y bases de datos relacionales locales.
Estas entradas de bases de datos se pueden analizar para extraer la información que necesita. Secuencias biológicas pueden ser tratados con los métodos de cumplimiento de la Ruby & rsquo; s clase String y con expresiones regulares.
La biblioteca puede ser integrado con herramientas como explosiva, Fasta, Hmmer y muchos otros paquetes de software para el análisis biológico.
 BioRuby compatible con los principales formatos de bases de datos biológicos y ofrece muchas maneras para acceder a ellos a través de la indexación flatfile, SQL, servicios web, etc. Varios servicios web, incluyendo API KEGG pueden ser fácilmente utilizados por BioRuby.

Características :

• BioRuby shell
• API
• Documentación

Requisitos

• Rubí 1.8.7 o superior