DendroPy

Se ofrece clases y funciones para trabajar con datos filogenéticos como árboles y matrices de caracteres.
También es compatible con la lectura y escritura de los datos en una variedad de formatos de datos filogenéticos estándar, como NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, etc ..
Además, las secuencias de comandos para realizar algunos cálculos filogenéticos útiles se distribuyen como parte de la biblioteca, como SumTrees, que resume la compatibilidad con divisiones o clados dadas por una muestra posterior de árboles filogenéticos.
Hay documentación y archivos del tutorial en el paquete de descarga extendido

¿Cuál es nuevo en esta versión:.

• Nueva infraestructura para metadatos anotaciones:. AnnotationSet y Anotación
• Soporte completo de NeXML 0.9 análisis de metadatos y la escritura.
• get_from_url () y read_from_url () métodos permiten ahora para la lectura de los datos filogenéticos de URL.
• módulo de interoperabilidad Agregado GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

¿Cuál es nuevo en la versión 3.12.2:

• Nueva infraestructura para las anotaciones de metadatos: AnnotationSet y anotación.
• Soporte completo de NeXML 0.9 análisis de metadatos y la escritura.
• get_from_url () y read_from_url () métodos permiten ahora para la lectura de los datos filogenéticos de URL.
• módulo de interoperabilidad Agregado GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.11.0:

• Nuevo script de aplicación para la concatenación de las etiquetas de las sucursales de todo varios árboles de entrada:. sumlabels.py
• Nueva clase interoperabilidad dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. envoltura para Seq-Gen integrado en la biblioteca
• Nueva función interoperabilidad dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. envoltorio para la alineación MÚSCULO
• Nueva dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner clase interoperabilidad:. envoltura para RAxML
• método prune_taxa () añade a CharacterMatrix.
• módulos de matemáticas se trasladaron a su propio sub-paquete:. dendropy.mathlib
• Nuevo módulo para matriciales y vectoriales cálculos:. dendropy.mathlib.linearalg
• Nuevo módulo para el cálculo de la distancia estadística:. dendropy.mathlib.distance
• Familia de las funciones de cálculo de Mahalanobis distancia en dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.9.0:

• Nuevas funciones:
• filogenéticos contrastes independientes (PIC) Análisis ahora pueden llevarse a cabo utilizando la clase dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• coalescente contenida simplificado (árbol de genes en especies de árboles) simulación.
• Los cambios:
• argumentos palabra clave para as_string (), write_to_path (), write_to_file, etc. métodos se han ajustado para ser más consistente para NEXUS y formatos Newick. Palabras clave anteriores todavía son compatibles, sino que serán obsoletos. El nuevo conjunto de argumentos de palabra clave soportados puede verse en el: ref: NEXUS y Newick escribir personalización & # X3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3e; sección.
• NEXUS y Newick formatos ahora por defecto a mayúsculas y minúsculas etiquetas taxón; especifique case_insensitive_taxon_labels = False para mayúsculas y minúsculas.
• Corrección de errores:
• Lectura carácter intercalado matrices no hay resultados más largos en el bloque siguiente de ser omitido (NEXUS).
• Atrapados OverflowError al calcular las estadísticas de resumen.

¿Cuál es nuevo en la versión 3.8.0:

• objetos árbol ahora se pueden rerooted en el punto medio (ver Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Anotaciones (es decir, los atributos del árbol, nodo o Edge objetos que han tenido & quot; annotate () & quot; se llama en ellos) NEXUS al escribir ahora se puede escribir como los comentarios de metadatos (& quot; [y campo = valor] & quot) / formato Newick Si se utiliza el annotations_as_comments argumentos de palabras clave.
• Cuando leen en NEXUS / árboles formato Newick, especificando extract_comment_metadata = True dará lugar a comentarios de metadatos que se detuvieron en el diccionario, con claves de ser nombres de campos y valores siendo los valores de campo.
• Al leer datos en formato NEXUS, SETS se procesarán los bloques y conjuntos de caracteres analizados en el CharacterDataMatrix relevante.
• Los conjuntos de caracteres (como, por ejemplo, analizado de NEXUS SETS bloques: véase más arriba) se pueden exportar como nuevos objetos CharacterDataMatrix, y sed salvos / manipulado / etc. independentally.
• Al escribir en formatos NEXUS o Newick, el write_item_comments argumento de palabra clave (Verdadero o Falso) puede controlar si los comentarios extendidos asociados con nodos en los árboles serán escritos o no.
• clase TopologyCounter añadido a dendropy.treesum:. permite el seguimiento de las frecuencias de topología
• treesplits.tree_from_splits () permite constructing del (de sólo topología) árboles de un conjunto de divisiones.
• La mayor funcionalidad que solía ser 'dendropy.treemanip' ahora se ha migrado como métodos nativos de la clase dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip' será obsoleto.
• Los árboles pueden ahora ser podado basan en una lista de etiquetas de taxones de quitar o mantener (anteriormente, los métodos sólo aceptarían listas de objetos Taxón).

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.7.1:

• Nuevas funciones:
• Aplicación de la 'Enfoque general de muestreo' (Hartman et al 2010:... Los árboles de muestreo de modelos evolutivos; Syst Biol 49, 465-476). método de simulación de árboles desde el modelo nacimiento-muerte
• Los cambios:
• nombres Corregir / consistentes para algunas funciones de probabilidad.
• Corrección de errores:
• Bug en la confirmación de sobreescritura del archivo de salida al utilizar SumTrees '-e' / '- split bordes. opción
• referencia semi-fosilizada Antiguo y canoso que 'taxa_block' corregida para 'taxon_set'.

¿Cuál es nuevo en la versión 3.7.0:.

• emigrado a licencia estilo BSD

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.6.1:

• SumTrees ahora trabaja (en el modo de serie) bajo mayor versiones de Python (es decir, & # X3c; 2,6).
• Correcciones para la compatibilidad con 2.4.x Python.

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.5.0:

• método ladderize Añadido (), para ordenar los nodos ascendente (por defecto) o descendente (ladderize (derecha = True)) orden.
• Agregado & quot; bestia-summary-árbol de & quot; especificación del esquema para procesar árboles de consenso BESTIA anotados.
• Alta nuevo módulo para interactuar con bases de datos NCBI:. dendropy.interop.ncbi

¿Cuál es nuevo en la versión 3.4:..

• ez_setup.py liado actualiza a la última versión

Requisitos

• Python 2,4-3,0