FlexS

flexs predice la conformación y orientación de uno de los ligandos con respecto a la otra. En flexs se supone que la referencia-ligando a ser rígido, por lo tanto, se debe dar en una conformación que es similar al estado unido. El algoritmo de superposición en flexs sólo requiere poca intervención manual. Puede integrar este conocimiento en los cálculos con flexs mediante la realización de pasos individuales manualmente. Por lo tanto, flexs está diseñado para el trabajo interactiva en pares de ligandos, así como para el cribado virtual basado en ligando. Las dos aplicaciones principales de flexs están ligando súper posicionamiento (ej. Para CoMFA / QSAR) y el cribado virtual. Si usted tiene una proteína y una pequeña molécula que se une a él (los llamados referencia ligando), pero ninguna estructura de la proteína, se puede tomar la estructura de referencia como una huella dactilar negativo del sitio activo. Flexs determina la similitud entre la prueba y la estructura de referencia alineándolos. En el cribado virtual, tiene una referencia-ligando y un conjunto de compuestos y estás interesado en la priorización de los compuestos para la prueba experimental.