Arabidopsis Motif Scanner

Arabidopsis Motif escáner (AMS) es una aplicación de Windows que se ejecuta en los ordenadores locales. Fue desarrollado para construir redes de genes mediante la identificación de las posiciones de los elementos cis-regulador en la planta modelo Arabidopsis thaliana y proporcionando una interfaz fácil de apreciar y valorar las relaciones de genes. Su principal característica innovadora es la combinación de las posiciones de los elementos cis-regulador, NGS y chip de ADN Arrays de expresión de datos, anotaciones y las interacciones de genes de Arabidopsis para la identificación de las redes de genes regulados por factores de transcripción. En los estudios se centraron en función de los factores de transcripción, el software utiliza los datos de expresión y motivos de sitio de unión en las regiones de genes reguladores para predecir genes diana directos. Además, AMS utiliza datos de ADN-proteína de interacción y proteinprotein para facilitar la identificación de las vías metabólicas regulados por el factor de transcripción de interés.