Arlequin proporciona al usuario medio en la genética de poblaciones con un gran conjunto de métodos básicos y pruebas estadísticas bastante, con el fin de extraer información sobre las características genéticas y demográficas de una colección de muestras de población. La interfaz gráfica está diseñada para permitir a los usuarios seleccionar rápidamente los diferentes análisis que quieren llevar a cabo en sus datos. Nos sentimos importante ser capaz de explorar los datos, para analizar varias veces los mismos datos que figuran desde diferentes perspectivas, con diferentes opciones seleccionadas. Las pruebas estadísticas aplicadas en Arlequin han sido elegidos como para minimizar supuestos ocultos y ser lo más potente posible. Por lo tanto, a menudo toman la forma de cualquiera de pruebas de permutación o pruebas exactas, con algunas excepciones. Debido Arlequin tiene un rico conjunto de características y muchas opciones, significa que el usuario tiene que pasar algún tiempo en el aprendizaje de ellos
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