Biopython

Desarrollado un equipo internacional de desarrolladores es un esfuerzo de colaboración distribuida para desarrollar bibliotecas y aplicaciones que respondan a las necesidades de las obras actuales y futuras en la bioinformática Python.

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• Bio.Phylo ahora cuenta con módulos de construcción de árboles y de consenso, a partir de la labor GSoC por Yanbo Vosotros
• Bio.Entrez ahora se descargará automáticamente y almacenar en caché los archivos nuevos NCBI DTD de análisis XML en el directorio principal del usuario (mediante ~ / .biopython en sistemas Unix, y $ APPDATA / Biopython en Windows).
• Bio.Sequencing.Applications ahora incluye un contenedor para la herramienta de línea de comandos samtools.
• Bio.PopGen.SimCoal ahora también es compatible con fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-texto, hmmer3-ficha y hmmer3-domtab ahora son compatibles con la salida de hmmer3.1b1.
• BioSQL ahora puede usar el paquete mysql-connector (disponible para Python 2, 3 y PyPy) como alternativa a MySQLdb (Python 2 sólo) para conectarse a una base de datos MySQL.

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.63:

• Ahora utiliza el estilo Python 3 incorporado en la próxima función en Método lugar de .Next los Python 2 iteradores estilo '().
• La versión actual se eliminó el requisito de la biblioteca 2to3.

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.62:.

• Primer lanzamiento de Biopython que apoya oficialmente Python 3

¿Cuál es nuevo en la versión 1.60:

• Nuevo módulo Bio.bgzf permite la lectura y escritura de archivos BGZF ( Bloqueado GNU Zip Format), una variante de GZIP con acceso aleatorio eficiente, más comúnmente utilizado como parte del formato de archivo de BAM y en TABIX.
• El analizador GenBank / EMBL ahora dará una advertencia en ubicaciones de entidades no reconocidas y continuar analizando (dejando la posición del elemento como Ninguno).
• El Bio.PDB.MMCIFParser está compilado por defecto (pero aún no está disponible en Jython, PyPy o Python 3).

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.59:

• Nuevos Bio.TogoWS módulo ofrece una envoltura para el TogoWS REST API.
• El NCBI Entrez Fetch función Bio.Entrez.efetch se ha actualizado para manejar un manejo más estricto del NCBI de múltiples argumentos de ID en EFetch 2.0.

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.58:

• Una nueva interfaz y analizadores para la PAML (Análisis filogenético por Máxima Verosimilitud) paquete de programas, codeml apoyo, baseml y yn00 así como Python reimplementación de chi2 se añadió como el módulo Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO ahora incluye soporte para leer archivos ABI (& quot; Sanger & quot; archivos de seguimiento de secuenciación capilar, que contiene llamada secuencia con cualidades PHRED)
.
• El Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; analizador se ha actualizado para hacer frente a las líneas de marcador que se utiliza en FASTA versión de Bill Pearson 3,36.

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.57:.

• Biopython ahora se puede instalar con pip

¿Cuál es nuevo en la versión 1.56:

• El módulo Bio.SeqIO ha sido actualizado para soportar proteína EMBL archivos (utilizados para la base de datos de patentes), archivos IMGT (una variante del formato de archivo EMBL, con la ayuda de Uri Laserson) y archivos XML UniProt.

¿Qué hay de nuevo en la versión 1.55:

• Un montón de trabajo ha sido hacia Python 3 apoyo (a través de el guión 2to3), pero a menos que se rompió algo que no debería notar los cambios.
• En términos de nuevas características, la característica más notable es que las clases de contenedor de aplicación herramienta de línea de comandos ahora son ejecutables, lo que debería hacer que sea mucho más fácil llamar a herramientas externas.

Requisitos :

• Python 2.6 o superior