Cell Electrofisiología Simulation Environment (CESE) es un marco integral diseñado específicamente para realizar simulaciones computacionales electrofisiológicos, por ejemplo, las simulaciones de la actividad eléctrica de los miocitos cardíacos.
Electrofisiología Celular Simulación de Medio Ambiente es útil para simulaciones de potenciales de acción, las corrientes iónicas individuales, y los cambios en las concentraciones iónicas.
CESE es un programa multiplataforma, funciona en cualquier sistema que tenga Java Runtime Environment (JRE) versión 1.4 o superior. Fue probado en Windows, Linux, Solaris, MacOS X, y AIX.
Usuarios CESE
CESE es un entorno integrado para la realización de simulaciones computacionales usando una variedad de modelos electrofisiológicos.
En esta etapa CESE permite la creación y ejecución de los modelos de una sola célula (que contienen tanto Hodgkin-Huxley (HH) y las formulaciones actuales markovianos). Modelos de la actividad eléctrica de los miocitos cardiacos con código fuente se incluyen en la distribución CESE. Esperamos ampliar el número de modelos disponibles, y añadir algunos modelos neuronales en el futuro.
La principal fortaleza de CESE está en su uniformidad & # 65533; una interfaz de programa sigue siendo el mismo para los diferentes tipos de modelos. Usted puede cambiar fácilmente entre los modelos y comparar los resultados de la simulación. Los parámetros del modelo pueden ser modificados, seleccionado para la salida y / o sujeta en la misma manera, estándar.
CESE amplía el significado electrofisiológico convencional de la "fijación de voltaje". Puede Clamp prácticamente cualquier variable del modelo, incluyendo la tensión (potencial de membrana), las corrientes iónicas totales o individuales, las concentraciones iónicas, la temperatura, las variables de compuerta, etc. Los comandos de sujeción pueden ser funciones pieza sabio complejos, establecidos individualmente para la variable del modelo de interés . Esto abre un sinfín de posibilidades para la exploración de la conducta modelo complejo.
CESE proporciona visualizaciones de datos simples, pero eficaces. Resultados de la simulación se pueden presentar en las formas gráficas y tabulados. Las parcelas se pueden personalizar, y regiones de interés zoom.
Aunque CESE no fue diseñado para ser una herramienta de análisis de datos, puede generar relaciones corriente-voltaje (I-Vs) y calcular los parámetros estadísticos para una señal dada en el programa. Puede exportar sus datos a ASCII, Axon archivo de texto (ATF) y formatos NetCDF para continuar el análisis en su paquete favorito.
Desarrolladores CESE
CESE fue creado desde cero para incorporar las mejores prácticas de programación disponibles para los desarrolladores de Java, tanto en términos de consistencia interfaz de usuario y la claridad del código y la reutilización. Siempre que sea posible, CESE se basan en las API de Java disponibles (por ejemplo Java2D, JavaBeans, JAXP) para simplificar el código.
Creación de modelos requiere una serie de funciones de mantenimiento de la casa para ser codificados & # 65533; estos incluyen integradores ODE, rutinas para el manejo de los parámetros del modelo, el ahorro / restaurar el estado modelo, visualizando los resultados de simulación, etc. CESE te ofrece la aplicación de estas rutinas, por lo tanto, puede concentrarse en escribir el código para la corriente iónica hormigón (s), y CESE se encargará del resto.
CESE no está tratando de crear marcos de programación complicados por su cuenta & # 65533; Más bien, se utiliza APIs de núcleo de Java. Por ejemplo, los modelos son componentes Java que se ajusten a la especificación JavaBeans. Utilizamos XML para especificar comandos de sujeción, y Java serialización de objetos para guardar / restaurar los parámetros del modelo.
¿Qué hay de nuevo en esta versión:
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