Software captura de pantalla:
Esta demostración completamente funcional de CLC Combined Workbench agrega todos los análisis de secuencia de ADN de CLC Gene Workbench y todos los análisis de secuencias de proteínas de CLC Protein Workbench.
Qué es nuevo en esta versión:
Mejoras
- Actualizado La lista de enzimas de restricción de REBASE.
- Solucionado un problema con la ejecución de BLAST en macOS Sierra.
- Enlaces PFAM actualizados reportados por el Pfam
- Se solucionó un problema introducido en CLC Main Workbench 7.7.2 donde las enzimas enumeradas alfabéticamente después de RdeGBI estaban faltando información de metilación
- Varias correcciones de errores menores. Ul>
- Las salidas de flujo de trabajo ahora se pueden configurar para crear subcarpetas que contengan las salidas.
- Hay nuevos marcadores de posición disponibles para definir los nombres de las salidas del flujo de trabajo: {user}, {host} y para elementos de la marca de tiempo del objeto de salida, {year}, {month}, {day}, {hour} {Minuto}, {segundo}.
- Los marcadores de posición dentro de los nombres de salida de flujo de trabajo que antes sólo estaban disponibles como dígitos ahora se pueden especificar usando nombres escritos: {name} es un sinónimo de {1} y {input} es un sinónimo de {2}.
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Cuando se utiliza el marcador de posición {2} para el nombre personalizado en elementos de salida de flujo de trabajo, solo se incluirán entradas desbloqueadas en el nombre generado.
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En el pdf generado que muestra todos los parámetros configurados de un flujo de trabajo, las entradas para los parámetros conectados a una herramienta o un elemento de entrada ahora enumeran los nombres de los elementos que definen. Anteriormente, los listados de parámetros para dichos elementos se dejaban en blanco.
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Cuando se ha alterado un nombre de herramienta en un flujo de trabajo, ahora se incluye el nombre original junto al nombre cambiado al exportar parámetros de flujo de trabajo.
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La vista Historial de los elementos de datos creados con un flujo de trabajo ahora incluye información sobre el flujo de trabajo que los creó.
- El orden de las herramientas en el menú "Agregar elemento" del flujo de trabajo ahora coincide con el orden en el menú Workbench Toolbox.
- Mejora la validación del flujo de trabajo para ayudar al usuario a identificar entradas que se ignorarán debido a la configuración de los elementos del flujo de trabajo.
- La herramienta de inicio rápido se encuentra ahora en el menú de la Caja de herramientas en lugar del menú Ver y se ha añadido a la barra de herramientas un botón denominado Iniciar que muestra esta herramienta.
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Los análisis se pueden iniciar ahora sobre los elementos de datos listados en la tabla de resultados de una Búsqueda local seleccionando los elementos de interés, haciendo clic derecho con el ratón y navegando por el menú contextual que aparece.
- La opción "Eliminar asociaciones" para eliminar las asociaciones de metadatos de elementos de datos seleccionados se ha añadido sin la vista Elementos de metadatos en un menú contextual con el botón derecho del ratón.
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En la vista Metadatos Buscar datos asociados, ahora también es posible usar Buscar en el área de navegación cuando se seleccionan varias filas.
- Al importar metadatos de una hoja de cálculo con fórmulas, el resultado de la evaluación de la fórmula (como se muestra en Excel) ahora se importa en lugar de la fórmula misma.
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Toda la comunicación del servidor NCBI ahora está encriptada. (NCBI trasladará todos los servicios web al protocolo HTTPS el 30 de septiembre de 2016). & Nbsp;
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La lista de enzimas preinstaladas en el banco de trabajo & nbsp; se ha actualizado desde REBASE.
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La opción "no está en lista" se ha introducido como una nueva opción de filtrado de tablas.
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Los detalles del grupo de lectura se muestran ahora en la vista Información de elementos de las listas de secuencias.
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La importación de GenBank ahora también permite nombres de archivo con extensión 'GBFF'.
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La herramienta "Ordenar carpeta" ahora utiliza clasificación numérica para nombres de archivo prefijados con un número.
- Existen nuevos marcadores de posición al definir los nombres de los productos exportadores: & nbsp; {User}, & nbsp; {host} y para elementos de la marca de tiempo del objeto de salida, {year}, & nbsp; {month}, & nbsp; {day}, & nbsp; {hora, & nbsp; {minuto}, & nbsp; {Second}. & Nbsp;
- Los marcadores de posición dentro de los nombres de salida de exportación que antes sólo estaban disponibles como dígitos ahora se pueden especificar usando nombres escritos: {input} es sinónimo de {1}, {extension} es sinónimo de {2} y {counter} es un Sinónimo de {3}.
- Corregido un problema que surgió al ejecutar flujos de trabajo con múltiples entradas en lote, donde no se aplicaron cambios a las entradas predefinidas y fijas especificadas durante el proceso de lanzamiento.
- Solucionado un problema en el que la herramienta Motif Search informó incorrectamente todas las exactitudes de coincidencia como 0% o 100%.
- Se ha corregido un problema en el que la clasificación de una carpeta mientras guardaba en ella podría desencadenar un error.
- Se ha corregido un error en el cuadro de diálogo de modo por lotes que podría generar un error al encontrar problemas relacionados con el archivo subyacente o la ubicación de los datos.
- Se ha corregido un error cuando la búsqueda de secuencias en la herramienta NCB no podría descargar secuencias de nucleótidos con el mensaje de error "Las siguientes secuencias no se descargaron correctamente.
- Se ha solucionado un problema con el BLAST en el paso NCBI de la herramienta Crear informe de proteínas.
- Se solucionó un problema que provocaba un error durante la exportación de VCF, donde los datos implicados se habían importado originalmente de archivos VCF y los valores del campo QUAL eran enteros. & Nbsp;
- La exportación de números de coma flotante (decimales) al formato VCF & nbsp; anteriormente dependía de la configuración regional especificada. Esto se ha corregido para que el & nbsp; separador decimal & nbsp; ahora siempre sea un punto.
- Al hacer la asociación automática de metadatos, el registro ahora muestra qué filas de metadatos no estaban asociadas con ningún dato.
- Se ha corregido un error que impedía acceder a la información manual de los metadatos desde dentro de Workbench.
- Se ha corregido un error en el que fallaría la asociación automática con una tabla de metadatos almacenada en un servidor CLC.
- La asociación automática de metadatos maneja ahora la asociación basada en un prefijo de nombres de datos y una coincidencia exacta con el nombre completo de los datos.
- Una tabla de metadatos ya no necesita una columna de clave para que sus filas se asocien manualmente con elementos de datos.
- Se eliminó una opción para reemplazar las funciones de metadatos previamente visibles en la configuración de las salidas del flujo de trabajo.
- Se ha corregido un error cuando un Workbench Data Location estaba apuntando a un archivo en el sistema en lugar de una carpeta. Ahora aparecerá como no disponible en el área de Navegación de Workbench.
- Habilitación de información sobre herramientas para todos los parámetros al configurar y ejecutar flujos de trabajo.
- El proceso de inicio de sesión de un Workbench a un servidor CLC debe completarse antes de abrir una URL clc.
- Solucionar un problema en Macs donde el Workbench no fue reconocido como un controlador de protocolo personalizado para clc: // urls.
- Resolvió una excepción que ocurría rara vez que se podía disparar al cambiar la vista del editor con un doble clic.
- Ahora es posible realizar lotes en los elementos seleccionados: solía restringirse a las carpetas seleccionadas.
- Ahora se puede seleccionar "EST" como base de datos cuando se utiliza la herramienta Search for Sequences en NCBI.
- La herramienta Hierarchical Clustering of Samples ahora se puede ejecutar como parte de los flujos de trabajo y en el servidor.
- Mejor gestión de la memoria al manejar grandes elementos de informe.
- Las herramientas sobre las hojas de los árboles filogenéticos ahora muestran una descripción de la secuencia adjunta.
- Los números ya no se añaden a los nombres de los elementos de flujo de trabajo cuando se crea una copia de un flujo de trabajo mediante "Copia abierta de flujo de trabajo".
- Gestión de metadatos. Lleve un registro de los archivos de entrada e importe la información meta para sus muestras.
- Se solucionó un problema que ocurría rara vez que el Workbench mostraría un mensaje de error al instalar un complemento con licencia de terceros.
- Se ha solucionado un problema en el que la selección de una entrada en una tabla de resultados de Blast podía resaltar la alineación incorrecta en el editor de Blast si la tabla se había filtrado o ordenado.
- Solucionado un problema en el que hacer clic en una anotación en el editor de Primers de diseño podría dar lugar a un mensaje de error.
- Solucionado un problema en el que las anotaciones que abarcaban los extremos de una secuencia circular se colocaban incorrectamente en la vista de secuencia circular.
- Se ha corregido un error que causó que el banco de trabajo se congelara si se mostraban ciertas secuencias en una vista circular con representación radial de etiquetas.
- Corregido los informes exportados que tienen el autor equivocado en ciertas situaciones.
- Se ha corregido un problema en el que Create Box Plot y el Análisis de componentes principales a veces se pueden ejecutar con argumentos ilegales, dando lugar a un mensaje de error.
- La salida de la herramienta Reverse Complement Sequence ahora tiene el sufijo -RC adjunto al nombre de la entrada en lugar de -1.
- Se ha solucionado un error en la herramienta Predict Secondary Structure cuando se seleccionó la opción para calcular la función de partición para moléculas largas (& gt; 1000 nucleótidos).
- Se ha corregido un problema en el que no se podía acercar después de hacer zoom en flujos de trabajo muy grandes.
- Se ha solucionado un problema que impedía que una carpeta raíz de las unidades Windows se utilizara como ubicación de archivo.
- Se solucionó un problema en el que la actualización de una instalación existente en Windows daría lugar a que se eliminara el archivo .vmoptions, lo que hace que el Workbench se ejecute con la configuración Java predeterminada.
- Se agregó una solución a un problema de java que ocasionó que el Workbench mostrara un error no informativo y requiriera un reinicio para continuar trabajando.
- Se solucionó un problema con la ejecución de BLAST en NCBI, donde un error generado por NCBI sobre su límite de uso de la CPU se excedió no se informó de forma transparente y se recibió un resultado de "no hits".
- Se aplicó una corrección para evitar una excepción en circunstancias en las que falló la limpieza de archivos descargados de BLAST.
- La herramienta Reverse Translate ignoró cualquier código genético especificado en las tablas de frecuencia de codones. Toda la traducción inversa, por lo tanto, por defecto al código genético estándar.
- Al instalar un flujo de trabajo con datos agrupados, ya no es posible seleccionar una carpeta de sólo lectura para almacenar los datos.
- Se ha corregido la visualización errónea de "Formato soportado" al exportar elementos del Editor de carpetas o del Editor de búsqueda local.
- Corrección de posibles archivos erróneos que se guardan al editar un archivo encontrado a través del editor de búsqueda local.
- Los gráficos de los informes internos se muestran ahora con la configuración guardada del panel lateral.
- Se ha corregido el ahorro de diferentes colores de línea en los gráficos a través del panel lateral.
- La opción del panel lateral para mostrar las leyendas de una trama con más de 10 muestras está habilitada.
- Solucionado un problema que provocó un error al procesar parcelas para conjuntos de datos vacíos.
- Se ha corregido un problema en el que la opción "Vaciar la papelera de reciclaje" estaba a veces incorrectamente no disponible.
- El exportador GTF ya está disponible para el Main Workbench.
- El experimento Transcriptomics y las tablas de muestra ahora se pueden ordenar, incluso con un gran número de filas.
- Exportación de variantes mejorada en Excel, HTML y pestañas (elija solo las anotaciones / columnas que necesite).
- Se ha corregido un error que afecta a la herramienta "Secuencia de corte antes / después de la selección" en el editor de clonación.
- Se corrigió un error en el que un clic izquierdo rápidamente seguido de un clic derecho se interpretaba como doble clic en OS X (en la lista de resultados de búsqueda de persistencia, en el árbol de herramientas y en el editor de flujo de trabajo).
- Pistas:
- Salida consistente al enriquecer pistas variantes y pistas de anotación con columnas de tabla adicionales. Las pistas de salida de estas herramientas ahora tienen el mismo número de columnas de tabla agregadas y las columnas siempre estarán en el mismo orden. Anteriormente, si una columna agregada tuviera valores vacíos para todas las filas de variantes, se habrían eliminado de la tabla final, resultando en un número variable y un orden relativo de columnas adicionales cuando se procesaran múltiples muestras con las mismas herramientas / flujos de trabajo. Todas las columnas se conservan ahora, facilitando el procesamiento downstream de las tablas exportadas y proporcionando una referencia visual inmediata en cuanto a qué herramientas de enriquecimiento / anotación se han aplicado, incluso si no produjeron resultados para una muestra particular.
- Las tablas de pistas variantes y pistas de anotación ahora pueden ordenar y filtrar columnas con celdas que contienen varios números.
- Mejorado el visor de pistas para pistas variantes para mostrar la alteración de secuencia en la variante renderizada.
- Las pistas de gráficos ahora muestran valores negativos rellenados hacia arriba a y = 0 (como se esperaba).
- Incremento de decimales para números al exportar tabla a CSV, texto delimitado por tabuladores y Excel.
- Mejora de los informes de errores relacionados con el bajo espacio en disco.
- Ahora es posible ejecutar un flujo de trabajo sin una entrada opcional.
- La herramienta AAC no anotó variantes en 3 'UTR con su nivel de ADN de cambio utilizando el formato HGVS c.xxx. Esto afecta a cualquier análisis realizado con Gx 7.5 o anterior basado en pistas ENSEMBL CDS de versons anteriores. El análisis de la AAC debe volver a utilizarse con Gx 7.5.1 para la anotación correcta.
- Fallo de filtración Pfam fijo. Anteriormente, Pfam sólo informó el primer dominio de cada tipo en una consulta y como consecuencia muchos dominios se perdieron. Recomendamos que los usuarios cuya investigación dependa de las anotaciones de Pfam vuelvan a ejecutar la herramienta en sus datos.
- Se ha corregido un error en la herramienta "Probabilidad máxima de filogenia" que falló al generar valores de arranque para ciertas alineaciones de entrada.
- Solucionado el problema de desplazamiento a los archivos relevantes al seleccionar objetos como parámetros en asistentes de herramientas.
- Los resultados del texto Blast se han mejorado para que muestren la consulta correcta y las posiciones de los sujetos independientemente de la cadena.
- Se ha corregido un problema que impedía operaciones BLAST al optar por ejecutarlas en el servidor CLC.
- Ahora es posible ejecutar un flujo de trabajo sin una entrada opcional.
Novedades en la versión 7.7.2:
flujos de trabajo
& nbsp;
Lanzamiento
& nbsp;
& nbsp;
metadatos
& nbsp;
& nbsp;
General
Novedades en la versión 7.7.1:
Novedades en la versión 7.7:
Importar metadatos: importación básica y fácil de metadatos. Esta herramienta complementa las herramientas disponibles en el Editor de tablas de metadatos.
Novedades en la versión 7.6.4:
Corrección de errores
Novedades en la versión 7.6.3:
Nuevas funciones y mejoras
Corrección de errores
Novedades en la versión 7.6.2:
Corrección de errores
Novedades en la versión 7.6.1:
Nuevas funciones y mejoras
Corrección de errores
Novedades en la versión 7.6:
Nuevas funciones y mejorasNovedades en la versión 7.5.1:
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