Expression2Kinases

Genoma en todo el ARNm de perfiles ofrece una instantánea de la situación mundial de las células en diferentes condiciones. Sin embargo, los niveles de mRNA no proporcionan la comprensión directa de los mecanismos de regulación aguas arriba. Expression2Kinases (X2K) es un nuevo enfoque para identificar los reguladores aguas arriba probablemente responsables de los cambios observados en la expresión de genes en todo el genoma. Mediante la integración de chip-ss / chip y de posición-peso-matrices (PWMs) de datos, las interacciones proteína-proteína, y las reacciones de fosforilación quinasa-sustrato X2K se puede utilizar para identificar los mecanismos de regulación aguas arriba de las diferencias en todo el genoma en la expresión génica. La idea es inferir primero los factores de transcripción más probables que regulan las diferencias en la expresión génica, a continuación, utilizar interacciones proteína-proteína para conectar los factores de transcripción identificados utilizando proteínas adicionales para la construcción de subredes reguladoras de la transcripción centrados en estos factores, y finalmente utilizar quinasa-sustrato reacciones de fosforilación de proteínas, para identificar y clasificar candidatos de proteína-quinasas que más probable es que regulan la formación de los complejos transcripcionales identificados. X2K también contiene herramientas para realizar gen lista analiza el enriquecimiento y predecir las drogas que pueden revertir o agravar los cambios en la expresión génica. . El enfoque X2K puede avanzar en nuestra comprensión de la señalización celular y desentrañar drogas mecanismos de acción

Requisitos

Java Runtime Environment 6.0