Las nuevas amenazas piden que surjan nuevos héroes. Mientras el Invierno Nuclear regresa con una nueva estratagema para destruir Freedom Force y el mundo libre, tres nuevos héroes de la Era de Plata: Tombstone, Green Genie y Quetzacoatl, se unen para ayudar a frustrar el mal. Cuando el plan de "Pesky Ruskie" se despliega, Freedom Force se ve transportado a la Europa devastada por la guerra alrededor de la Segunda Guerra Mundial. El equipo tendrá que hacer una alianza con Sky King, Black Jack y Tricolor, tres héroes de la Edad de Oro dispuestos a sacrificar todo para salvar al mundo de los poderes del eje malvado.
Freedom Force vs. The Third Reich cuenta con seis nuevos personajes jugables, así como un montón de nuevos villanos, un motor completamente nuevo con gráficos radicalmente mejorados y una funcionalidad multijugador ampliamente mejorada, que incluye varios modos completamente nuevos. La secuencia de introducción también trata a los espectadores sobre la historia del origen del vigilante oscuro Tombstone.
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