Jmol

Jmol es un software gráfico de fuente abierta, multiplataforma y gratuito que se diseñó originalmente para actuar como visor molecular de estructuras químicas tridimensionales. Se ejecuta en cuatro modos independientes, como una aplicación web HTML5, un programa Java, un applet Java y un componente "sin cabeza" del lado del servidor.

Las funciones clave incluyen soporte de renderizado 3D de alto rendimiento sin requerir ningún hardware de alta gama, exporta archivos a formato JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ y POV-Ray, admite celdas unitarias básicas, admite RasMol y Chime lenguajes de scripts, así como la biblioteca de JavaScript.

Además, el software admite animaciones, superficies, vibraciones, orbitales, mediciones, simetría y operaciones de celdas unitarias, y formas esquemáticas.

Actualmente, la aplicación admite una amplia gama de formatos de archivo, entre los que podemos mencionar MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO y MOPAC.

Además, también se admiten CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRISTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR y JME. .

Admite todos los principales navegadores web

El software se ha probado con éxito con todos los principales navegadores web, incluidos Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera y Safari. Las aplicaciones de navegador antes mencionadas se han probado en todos los sistemas operativos principales (consulte la siguiente sección para conocer los sistemas operativos).

Al estar escrito en el lenguaje de programación Java, Jmol es una aplicación independiente de la plataforma diseñada para admitir todas las distribuciones GNU / Linux, los sistemas operativos Microsoft Windows y Mac OS X, y cualquier otro sistema operativo donde Java Runtime Environment esté instalado. / p>

Qué hay de nuevo en esta versión:

• corrección de errores: Jmol SMILES no permite la búsqueda de código de inserción - agrega & quot; ^ & quot; para el código de inserción: [G # 129 ^ A. *]

¿Qué hay de nuevo en la versión:

• corrección de errores: Jmol SMILES no permite la búsqueda de código de inserción - - agrega & quot; ^ & quot; para el código de inserción: [G # 129 ^ A. *]

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.20.3:

• corrección de errores: Jmol SMILES no permite la inserción- búsqueda de código - agrega & quot; ^ & quot; para el código de inserción: [G # 129 ^ A. *]

Qué hay de nuevo en la versión 14.6.5:

• corrección de errores: Jmol SMILES no permite la búsqueda de código de inserción - agrega & quot; ^ & quot; para el código de inserción: [G # 129 ^ A. *]

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.6.1:

• corrección de errores: Jmol SMILES no permite la inserción- búsqueda de código - agrega & quot; ^ & quot; para el código de inserción: [G # 129 ^ A. *]

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.4 Build 2016.04.22:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.4 Build 2016.04.14:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.4 Build 2016.03.31:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.3 Build 2016.03.02:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustados para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.3 Build 2016.02.28:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.2 Build 2016.02.05:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.4.0 Build 2015.12.02:

• solución de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustado para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.2.15:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustados para hidrógenos añadidos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.2.13:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustados para agregarlos hidrógenos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.2.12:

• corrección de errores: conjuntos de átomos de anotación no ajustados para agregarlos hidrógenos
• corrección de errores: 14.3.3_2014.08.02 rompió el lector de mmCIF
• corrección de errores: lectura de BinaryDocument (archivo Spartan) rota en 14.1.12_2014.03.18

Qué hay de nuevo en la versión 14.1.8 Beta:

• nueva función: establece cartoonRibose:
• dibuja anillos de ribosa, con facetas que muestran arrugas
• se conecta mediante C4'-C5'-O5'-P explícitamente
• muestra C3'-O3 'como referencia.
• desactiva cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• inhabilitado por SET cartoonBaseEdges ON
• sugerido por Rick Spinney, Estado de Ohio
• nueva función: el marco anim [a, b, c, d] funciona con números negativos para indicar rangos:
• marco anim [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• leer como & quot; 1 a 5 y luego 10 a 6 & quot;
• nueva función: lector de archivos Tinker (y actualización del lector FoldingXYZ):
• Puede usar Tinker :: pero esto solo es necesario si la primera línea es SOLO un atomCount
• acomoda el formato Tinker más antiguo con n-1 átomos para atomCount
• permite las trayectorias y el número de modelo deseado
• nueva característica: (en realidad 13.1 pero no documentado) marco de animación [51 50 49 48 47 46 45 (etc.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc.) ....]
• nueva función: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• nueva función: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAPA & quot ;, & quot; todo & quot;)
• nueva función: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; el mejor & quot;)
• nueva función: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAPA & quot ;, & quot; H & quot;)
• nueva función: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
• nueva función - x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
• genera una o más listas de correlaciones basadas en SMILES no aromáticas
• opcionalmente incluye átomos de H
• genera opcionalmente todas las asignaciones de átomos posibles
• devuelve int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• donde an y bn son índices de átomos enteros o lista cuando & quot; todos & quot; se elige la opción.
• lo siguiente generará un mapa de correlación de átomo para dos estructuras, incluidos los átomos de hidrógeno: cargar archivos & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = compare ({1.1} {2.1} & quot; MAPA & quot; & quot; H & quot;)
• lo siguiente compara el modelo de cafeína del NCI con el de PubChem:
• carga $ cafeína; carga append: cafeína; marco *
• selecciona 2.1; label% [atomIndex]
• compare {1.1} {2.1} SMILES rotar traducir
• x = compare ({1.1}, {2.1}, & quot; MAPA & quot; & quot; mejorH & quot;)
• para (a en x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; seleccione atomindex = a1; etiqueta @ a2}
• nueva función: compare {modelo1} {modelo2} SONRISAS:
• no es necesario dar SMILES; Jmol puede generarlo desde {model1}
• nueva función: x = {*}. find (& quot; SONRISAS & quot ;, & quot; H & quot;):
• genera SMILES con átomos H explícitos
• corrección de errores: función de subestructura () utilizando SMILES en lugar de SMARTS, por lo que solo las estructuras completas;
• corrección de errores: mejor captura de errores y mensajes en métodos relacionados con SMILES
• corrección de errores: haga más robusto el descubrimiento de webexport de la ruta a Jmol.jar y jsmol.zip.
• corrección de errores: getProperty extractModel no cumple con el subconjunto
• corrección de errores: establecer pdbGetHeader TRUE no captura REMARK3 REMARK290 REMARK350
• corrección de errores: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) debe ajustar el valor en {value: ...}
• corrección de errores: translucidez persistente de MO interrumpida en 11.x
• corrección de errores: mostrar MENU escribir MENÚ cargar MENÚ todo roto en 12.2
• corrección de errores: {*} [n] debería estar vacío si nAtoms

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.0.7:

• Corrección de errores: 14.0.6 con errores mortales - renderización de unidad de celda y eco, getProperty

Qué hay de nuevo en la versión 14.0.5:

• Corrección de errores: translucidez de la genealogía LCAOC rota
• Corrección de error: estructura traslúcida rota
• Corrección de errores: pqr, p2n lectores rotos
• Corrección de errores: la propiedad del mapa isosurface xxx puede fallar si la superficie es un fragmento que (de alguna manera) tiene un punto no asociado con un átomo subyacente.

¿Qué hay de nuevo en la versión 14.1.5 Beta:

• corrección de errores: translucidez de la genealogía LCAOC rota
• corrección de errores: estructura traslúcida rota
• corrección de errores: pqr, p2n lectores rotos
• corrección de errores: la propiedad del mapa isosurface xxx puede fallar si la superficie es un fragmento que (de alguna manera) tiene un punto no asociado con un átomo subyacente.

Qué hay de nuevo en la versión 14.0.4:

• Corrección de errores: cohetes rotos
• Corrección de errores: PDB byChain, bySymop no compatible.

Qué hay de nuevo en la versión 14.0.2:

• corrección de errores: la modulación no distingue entre q y t;
• corrección de errores: las medidas moduladas no funcionan
• corrección de errores: no omite establecer defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• corrección de errores: el mapa isosurface falla en el orbital atómico
• corrección de errores: la visualización vibratoria de la modulación con distancias no se actualiza
• corrección de errores: la vibración apagada causa una advertencia innecesaria en la consola
• corrección de errores: dibujar un simbolo roto
• corrección de errores: array.mul (matrix3f) bloquea Jmol
• solución de errores: seleccione symop = 1555 roto
• corrección de errores: establecer arrastrar pickingSeleccionado no funcionar
• code: refactorizado CifReader, separando el código MMCifReader y MSCifReader: cambio de nombre / refactorización de métodos en SV
• code: agrega la interfaz javajs.api.JSONEncodable
• implementación súper simple en org.jmol.script.SV
• permite implementaciones de javajs para entregar resultados JSON personalizados

Qué hay de nuevo en la versión 14.1.2 Beta:

• nueva función: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expresión):
• mejor que Jmol.evaluate porque el resultado es una variable de JavaScript, no una cadena.
• DEPRECANDO JSmol api Jmol.evaluate (applet, expresión)
• nueva función: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• devuelve código JSON para la propiedad
• permite JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; alguna expresión & quot;)
• nueva característica: getProperty variableInfo:
• permite la recuperación de variables en formato Java o JSON
• evalúa la expresión
• está predeterminado en & quot; todo & quot;
• nueva función: modulación ajustable por qyt, hasta d = 3:
• modulación activada / desactivada (todos los átomos)
• modulación {conjunto de átomos} activado / desactivado
• modulación int q-offset
• modulación x.x t-offset
• modulación {t1 t2 t3}
• modulación {q1 q2 q3} VERDADERO
• nueva función: listaListada:
• ordenó una matriz de átomos recientemente recogidos
• se puede usar igual que la variable PICKED, pero se ordena secuencialmente, no temporalmente
• haciendo clic dos veces en la estructura borra la lista
• @ {pickedList} [0] átomo elegido por última vez
• @ {pickedList} [- 1] átomo siguiente-al-último-elegido
• @ {pickedList} [- 1] [0] los últimos dos átomos elegidos
• nueva función: array.pop (), array.push () - similar a JavaScript
• nueva función: escala de modulación x.x
• nueva función: título & quot; xxxxx & quot; x.x: número de segundos para ejecutar
• nueva función: modulación 0.2 // establece el valor t
• nueva función: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; prueba & quot;); imprimir a.pop ()
• nueva función: selecciona ON / OFF atom-set:
• activa o desactiva los halos de selección, así como también la selección
• solo conveniencia
• nueva función: pt1.mul3 (pt2):
• devuelve {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• si ambos no son puntos, vuelve a la simple multiplicación
• nueva reedición: array.mul3 (pt2) - aplica mul3 a todos los elementos de la matriz
• nueva función: {atomset} .modulation (type, t):
• entrega P3 (modulación de desplazamiento)
• implementado solo para tipo = & quot; D & quot; (opcional)
• t opcional es 0 de forma predeterminada
• corrección de errores: la modulación no distingue entre q y t;
• corrección de errores: las medidas moduladas no funcionan
• corrección de errores: no omite establecer defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• corrección de errores: isosurface map atomic orbital fail
• corrección de errores: la visualización vibratoria de la modulación con distancias no se actualiza
• corrección de errores: la vibración apagada causa una advertencia innecesaria en la consola
• corrección de errores: dibujar un simbolo roto
• corrección de errores: array.mul (matrix3f) bloquea Jmol
• corrección de errores: select symop = 1555 corrección de errores fallidos: establecer selección arrastrarSelección no funciona
• code: refactorizado CifReader, separando MMCifReader y MSCifReader
• code: pequeño cambio de nombre / refactorización de métodos en SV
• código: agrega la interfaz javajs.api.JSONEncodable:
• implementación súper simple en org.jmol.script.SV
• permite implementaciones de javajs para entregar resultados JSON personalizados

Qué hay de nuevo en la versión 14.0.1:

• nueva función: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (predeterminado 55)
• nueva función: función load (), como en la carga de impresión (& quot; xxx & quot;), lectura limitada de archivos locales en el applet:
• no hay archivos de directorio raíz
• no hay archivos sin extensión
• no hay archivos con ningún & quot; /.& quot; en el camino
• nueva característica: archivos JAR firmados de forma segura
• nueva característica: los archivos JAR de applets incluyen JNLP (Protocolos de inicio de red Java) para la carga de archivos locales
• nueva función: opciones de URL de JSmol _USE = _JAR = _J2S = sobrescrituras para datos de información
• nueva función: (estaba presente pero no documentada) imprimir cuaternión ([matriz de cuaterniones]) - devuelve la media esférica a la Buss y Fillmore
• nueva función: imprimir cuaternión ([matriz de cuaterniones], verdadero):
• devuelve la desviación estándar para la media esférica a la Buss y Fillmore
• las unidades son grados angulosos
• nueva característica: valores de módulo de cuaternión denominados:
• imprimir quaternion (1,0,0,0)% & quot; matriz & quot;
• las opciones incluyen w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• nueva función: configure celShadingPower:
• establece la fuerza del cel shading
• valores enteros
• valor predeterminado 10 es una línea gruesa
• 5 es una línea fina
• 0 desactiva cel shading
• valor negativo elimina el sombreado interior: solo contorno
• funciona en píxeles según la fuente de luz normal (potencia & gt; 0) o usuario (potencia & lt; 0)
• establece el color del contraste de fondo (blanco o negro) cuando normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• nueva función: mmCIF leyendo informes _citation.title en la consola de scripts Jmol
• nueva función: minimiza la opción SELECT {atomset} ONLY - ONLY excluye todos los demás átomos
• nueva función: minimize {atomset} - implícita SELECT y SOLO
• nueva función - & quot; extensiones & quot; directorios en JSmol para scripts JS y SPT contribuidos:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• nueva función: cargar ... filtro & quot; ADDHIDROGENS & quot; - local establece pdbAddHydrogens solo para un comando de carga
• nueva función: compare {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• nueva función: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SONRISAS & quot; & quot; BONDS & quot;)
• nueva característica: escribir JSON xxx.json
• nueva función: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} lector
• nueva función - set particleRadius:
• radio global para átomos sobre el valor máximo de radio (16.0)
• está predeterminado a 20.0
• nueva función: filtros CIF y PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; y & quot; BYSYMOP & quot; para la particulación del virus:
• crea solo un átomo por cadena o por symop
• el tamaño puede escalarse más que el máximo de 16 Angstroms usando, por ejemplo:
• establecer particleRadius 30;
• spacefill 30; // cualquier número mayor de 16 usa particleRadius en su lugar
• nueva función: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• nueva función: la función symop () permite la simetría del filtro de biomoléculas para PDB y mmCIF
• nueva característica - isosurface SIMETRÍA:
• aplica operadores de simetría a isosurface
• representación y creación más eficientes
• la selección predeterminada es {symop = 1} solamente
• el color predeterminado es colorear por symop en función de propertyColorScheme
• ejemplo:
• cargar filtro 1stp & quot; biomolécula 1 & quot;
• propiedad de color symop
• isosurface sa resolution 0,8 simetría sasurface 0
• nueva función - nueva propiedad átomo: chainNo:
• secuencialmente desde 1 para cada modelo;
• cadenaNo == 0 significa & quot; cadena no & quot; o chain = ''
• nueva función - new propertyColorScheme & quot; friendly & quot;:
• combinación de colores amigable con el color
• utilizado en RCSD
• nueva característica: JSpecView completamente libre de Java; incluye impresión en 2D de RMN y PDF de espectros
• nueva característica - ESCRIBIR PDF & quot; xxx.pdf & quot; calidad & gt; 1 solicitud de modo paisaje:
• usa clases de creación de PDF personalizadas eficientes
• tamaños de imagen para que quepan si son demasiado grandes
• nueva característica: JSpecView agrega PDF y 2D NMR para JavaScript
• nueva función: cargar & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Carga de componentes químicos de PDB utilizando el & quot; nonideal & quot; conjunto de coordenadas
• corrección de errores: se eliminó el CD de la grabación; ChemDoodle ha cambiado de formato; use JSON en su lugar
• corrección de errores: los archivos PDB y CIF indicaban ensamblajes como PAU como número negativo grande
• corrección de errores: COMPARE sin rotación inicia bucle infinito
• corrección de errores: problema de bucle con retraso (-1)
• corrección de errores: el mouse gira para Chrome en JavaScript
• corrección de errores: corrección de menú emergente de JavaScript para cambios de idioma
• corrección de errores: los componentes centrales de JavaScript no se procesan; Jmol._debugCode no reconocido
• corrección de errores: offset de celda unitaria incorrectamente para biomoléculas; origen incorrecto para los ejes.
• corrección de errores: isosurface / mo FRONTONLY roto
• corrección de errores: localización de idioma roto en JavaScript
• solución de errores: el lector de ADF no lee la salida MO de DIRAC Build 201304052106
• corrección de errores: Safari informa información amarilla de Jmol en lugar de solicitar la aceptación del applet
• - la etiqueta debe ser
• corrección de errores: el lector CIF no maneja adecuadamente _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• : átomo incorrecto configurado para load = filtro 3fsx.cif & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• corrección de errores: [# 558 Problema de compatibilidad con ChemDoodle] Error de JSmol en la definición de Number.toString ()
• corrección de errores: la rueda del mouse no funciona correctamente
• corrección de errores: el error del compilador JavaScript J2S no fuerza int + = float a entero
• corrección de errores: opción de JavaScript WEBGL rota
• corrección de errores: JavaScript NMRCalculation no accede a los recursos
• corrección de errores: JavaScript estéreo no implementado
• corrección de errores: solución de lectura MOL para archivos de modelos múltiples (solo 13.3.9_dev)
• corrección de errores: Error de lectura de MOL con load APPEND - no continúa los números de átomos
• corrección de errores: el lector de modulación CIF no lee combinaciones lineales de vectores de onda celular
• corrección de errores: lectura CIF con filtro & quot; BIOMOLECULA 1 & quot; falla si solo la operación de identidad
• corrección de errores: el lector mmCIF no lee todas las opciones _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• corrección de errores: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 debería significar & quot; no celda de la unidad & quot; independientemente del filtro de biomoléculas
• corrección de errores: la losa isosuperficial no se adapta bien para moléculas planas como HEM
• corrección de errores: print userfunc () puede fallar (userfunc () por sí solo está bien)
• corrección de errores: dentro (hélice) no implementada para polímeros solo C-alfa
• corrección de errores: _modelTitle no se actualizó cuando se carga o borra un nuevo archivo
• corrección de errores: {*}. symop.all no entrega apropiadamente el operador de simetría
• corrección de errores: para triple enlace en SMILES en URLs
• corrección de errores: clases de creación de PDF faltantes de build.xml
• corrección de errores: después de la actualización de Java, agregando una verificación de ruta apropiada para el applet firmado local
• corrección de errores: {xxx} .property_xx no guardada en el estado (roto 8/7/2013 rev 18518)
• corrección de errores: Manifiestos actualizados para archivos JAR de applets firmados y no firmados
• corrección de errores: la escritura falla
• corrección de errores: método de script de scriptWait () roto
• corrección de errores: la sesión de PyMOL puede mostrar la celda de la unidad después de leer desde el estado guardado
• corrección de errores: el lector MMCIF falla para varios tipos de ensamblaje
• corrección de errores: lector CIF & quot; biomolécula 1 & quot; traduciendo a & quot; molecular & quot; en lugar de & quot; ensamblaje & quot;
• corrección de errores: la trayectoria de la carga con varios archivos no funciona
• corrección de errores: el menú emergente del applet JS no se cierra correctamente al cambiar el idioma
• corrección de errores: atributo de identificación de casilla HTML no asignado
• código: refactorización del código applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• code: refactorización, simplificación de lectores almacenados en búfer y flujos de entrada en búfer.
• código: refactorización de JavaScript, mejor compilación _... xml
• code: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double todo revisado
• code: desambiguación de GT ._
• code: Refactorizó todas las clases internas innecesariamente al nivel superior
• code: isolated util / ModulationSet using api / JmolModulationSet
• code - Toda la localización del lenguaje de applet leída desde archivos plain .po:
• como para JavaScript ya
• no es necesario compilar archivos de clase para idiomas de applet
• sin idioma .jar archivos
• el nuevo directorio jsmol / idioma contiene archivos .po para Java y HTML5
• code: rendering isosurface más rápido agregando implícito & quot; frontonly & quot; con seleccionar {xxx} SOLO
• código: representación de isosurface más rápida con implícita & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; en casos relevantes (enteros)
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolida todas las referencias a URL.getContent () y Class.getResource ()
• code: JavaScript funciona para problemas internos con la reasignación de nombres de variables
• code: work-around para eval (functionName) no funciona en JavaScript.
• code: experimentar con la oclusión ambiental
• code: manifiestos requeridos añadidos para Java Ju51 (enero de 2014).
• código: JmolOutputChannel movido a javajs.util.OutputChannel
• code: jsmol.php corregido para permitir & quot; en el método saveFile
• code: refactorización del analizador en javajs.util
• code: DSSP se movió a org.jmol.dssx, reduciendo la carga biológica de JSmol en 20K
• code: paquete iText descartado, ya no es necesario, ya que escribí mi propio creador de PDF

Requisitos :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment