La rebelión orquestada por el General Morden para lograr un nuevo régimen mundial ya es historia, y el orden y la paz ha comenzado a regresar al mundo. Morden, trajo de vuelta al poder, intentaba otro golpe de Estado, pero las fuerzas del gobierno se enteró del complot de antemano y se adelantó el inminente asalto.
La mecánica de juego son los mismos que los anteriores juegos de Metal Slug. Nuevo para el Metal Slug 3, sin embargo, es el sistema de ruta de ramificación; en la mayoría de las misiones, hay senderos que se bifurcan para el jugador para elegir, cada uno con sus propios obstáculos, y de diversa duración y dificultad. Todos los caminos eventualmente conducir al mismo jefe de batalla, pero el jugador puede tener diferentes equipos, y pueden haber rescatado a más o menos rehenes en función de sus opciones.
Aunque no se añadieron nuevas armas, Metal Slug 3 contiene nuevos vehículos para uso jugador:
- El Slug Mariner da cierta potencia de fuego adicional para los submarina. Se dispara rondas de gran masa que se hunden hasta el fondo, así como torpedos.
- El elefante Slug es un mamut era de hielo descomunal atado con un cañón Vulcan. Al recoger una batería o un Guindilla, los mamuts pueden disparar un rayo o una bola de fuego de su probóscide, respectivamente. Pero cuando zombificado, el jugador no puede montarlo de nuevo.
- El Avestruz Slug es una reminiscencia de la Camel Slug. Incluso es más rápido, puede saltar más lejos, y puede dar la vuelta. (Sin embargo, esto hace que el piloto momentáneamente vulnerable al fuego enemigo)
- El LV rebelde Armor es un vehículo Rebel-producido, pero puede ser capturado y utilizado por el jugador. Viene equipado con una ametralladora pesada, que es intercambiable con otras armas de mano. (A diferencia de las babosas, armamento principal de la Rebel Armor ha limitado munición) También tiene un Super granadas, un ataque cuerpo a cuerpo de la garra, y jets de salto. El otro jugador puede estar en la parte superior de la Rebel Armor, y puede recibir un impulso a alturas extremas.
- El Slug Copter aparece junto con el folleto Slug en la parte aérea de la misión final. Su cañón Vulcan puede disparar en todas las direcciones, a diferencia del folleto. Está armado con bombas de gravedad.
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