RAPTOR

RAPTOR es un software innovador diseñado para la estructura de la proteína exacta predicción. Combina herramientas de análisis avanzadas en una solución de software integrada y ofrece tres métodos diferentes de roscado. Enfoque de optimización de programación entera única de RAPTOR es más efectivo para encontrar la estructura de las plantillas de los objetivos con baja homología de secuencia y es capaz de generar modelos de alta calidad. La interfaz fácil de usar y fácil de entender los valores de E son ideales para principiantes y expertos. Por encima de todo, la pantalla intuitiva de la producción permite a los usuarios entender los resultados simplemente un vistazo. Dada una secuencia de proteína diana, si hay una proteína homóloga con estructura 3D conocida, se puede encontrar mediante el uso de herramientas de búsqueda de secuencia como PSI-BLAST, también previsto en RAPTOR. La estructura de la meta y luego se construye a partir de la estructura conocida; Sin embargo, cuando la homología de secuencia no es significativo, es decir, menos del 25%, PSI-BLAST no puede llegar a un golpe de confianza. A diferencia de PSI-BLAST, que simplemente hace una búsqueda de secuencia, roscado proteína, doble reconocimiento, hace uso de información tanto homología y estructura. Analiza la secuencia de proteína con una estructura desconocida contra una base de datos de estructuras conocidas. Mediante el uso de una función de puntuación y la realización de análisis de compatibilidad entre las estructuras tridimensionales y las secuencias de proteínas lineales, la mejor plantilla estructural se identificó a partir de la cual construir la estructura de la secuencia. Como resultado, roscado proteína da una predicción superior a la homología de modelado cuando hay una homología de secuencia marginal

Limitaciones .

funcionalidad limitada