SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter es una herramienta gráfica de Python para interactivamente segmento de pilas de imágenes de células en el tejido con borde etiquetas & nbsp (también conocidos como los esquemas blancos.);. Las interacciones se basan enteramente en la edición de las semillas, que a su vez se expanden por una cuenca algoritmo. La principal diferencia entre SWS y otras herramientas es que puede colocar más de una semilla por celda que puede ayudarle a ajustar los límites de células difíciles.
SWS se construye en la parte superior de wxPython, matplotlib, numpy, scipy y Mahotas.
En su núcleo, que utiliza un algoritmo de cuencas rapidísima (gracias al proyecto Mahotas) y permite actualizaciones en tiempo real. Cuenta con un sencillo (si desordenado) IU y es completamente interactivo, incluyendo incluso deshacer 1 nivel.
La publicación sobre SWS que da todos estos detalles y más en Citometría Parte A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
El código fuente se duplica en cuatro repositorios y PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
La página de Google Code también tiene algunas distribuciones binarias (http://code.google.com/p/seedwater/) que deberían funcionar en Windows de 32 bits o 64 bits de Linux, pero ahora estos son viejos. Utilice el método "easy_install" ahora.
Para más detalles, ver Python Instalar Instrucciones 20XX.txt También puede leer el manual: SeedWater Segmentador V xx Manual.txt
Instalación y ejecución
La instalación es fácil FINALMENTE!
De hecho, ahora puede "easy_install SeedWaterSegmenter"
Instrucciones rápidas:
Windows / Mac:
& Nbsp; Instale Enthought Python Distribución http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy-python scipy python-matplotlib python-imagen python-XLRD python-xlwt
En una ventana de cmd (debe ejecutar como administrador en Windows Vista / 7) o Terminal (Mac / Linux), ejecute:
& nbsp; easy_install Mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Instrucciones detalladas:
La última versión se llama:
"Python Instalar Instrucciones 2012.txt agosto"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Instale Instrucciones 2012.txt agosto

Requisitos :

< li> Python