X-Men y Street Fighter utiliza un sistema similar al estilo desarrollado en Marvel Super Heroes, y añade la función de modo de juego por equipos. En lugar del formato habitual ronda-mejor de dos fuera de tres, partidos del juego consisten en batallas de dos contra dos entre equipos de la etiqueta.
El jugador controla a un personaje a la vez, mientras que el otro espera fuera de la pantalla. El carácter de partida puede etiquetar la espera en cualquier momento pulsando el botón patada Golpe duro y, que activa el "Ataque de variables"; el compañero de etiqueta saltará con un ataque y brevemente burla. Durante su burla, son vulnerables a contraatacar. El carácter latente será capaz de recuperar una parte de su vitalidad, mientras que el carácter actual está luchando. Si un personaje pierde toda su vitalidad, entonces el compañero de etiqueta vendrá a reproducirse automáticamente. Un partido se acaba cuando son derrotados los dos miembros de un equipo.
Hay otras maneras de traer la pareja del personaje; el "Counter Variable", que sustituye al contador Infinidad de Marvel Super Heroes, rompe la guardia del jugador para que el compañero de equipo en un contraataque a costa de un nivel de metro super. Además, la "combinación de variables" es un número de dos caracteres Hyper Combo (los súper movimientos aparecen en el juego), que cuesta dos niveles, y se cambiará el carácter actual del jugador, siempre y cuando ninguno de los personajes es golpeado durante sus Hyper Combos.
Los personajes de X-Men llegan prácticamente igual al de X-Men: Children of the Atom y Marvel Super Heroes, con la excepción de Rogue, Gambito y Dientes de Sable, que son nuevos en la serie. Los personajes de Street Fighter utiliza sus Street Fighter Alpha 2 formas y sus movimientos se dieron mejoras para que coincida con el ambiente más grande que la vida de los juegos de Marvel; por ejemplo, Hadouken de Ryu es mucho mayor que en otros juegos. Este juego marca la primera aparición de "Shadaloo" representación de Cammy, quien reaparecería en las versiones de consola de Street Fighter Alpha 2 Gold, así como en Street Fighter Alpha 3.
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