ZOOM Lite

ZOOM Lite es un mapeo de datos de secuenciación y visualización de software de última generación. Genomas de entrada Usuarios de referencia y Illumina / Solexa corta lee archivos o AB espacio de color sólido lee archivos en diversos formatos, como * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM salidas los resultados de los mapas de estos cortos lee en la secuencia de referencia. ZOOM Lite tiene un núcleo de mapeo rápido y preciso basado en una teoría múltiples espaciadas semillas de nuevo diseño. Tanto gama única y de extremo emparejado lee de varias longitudes de 15 pb a 240bp se puede manejar. Se permite cualquier número de desajustes y una inserción / deleción de varias longitudes entre la lectura y su región de destino en la secuencia de referencia. Resultados Únicamente mapeadas o mejores (arriba N) resultados de cada lectura serán reportadas de acuerdo a los desajustes mínimos y longitud indel. Las puntuaciones de calidad se utilizan para mejorar la precisión de mapeo. Basado en el kernel de mapeo, ZOOM Lite permite a los usuarios cargar datos leídos locales y de referencia de datos de secuencia, seleccione los parámetros adecuados, los datos de proceso de gran volumen en paralelo entre hasta cuatro CPUs, supervisan las tareas en ejecución, almacenar los resultados de los mapas, ver las gráficas de resultados de los mapas y los resultados de los mapas de salida, ya sea en .BED * o * formatos de archivo .GFF de topografía más con la información de la pista navegador UCSC. Resultados de los mapas se pueden ver en cualquier escala deseada, a partir del gráfico de profundidad de lectura durante todo un cromosoma detallado alineamientos de secuencias entre las lecturas y la secuencia de referencia. Los usuarios navegar fácilmente a las regiones de interés, simplemente a través de clic y arrastre o desplazamiento. ZOOM Lite es un derivado del software ZOOM Estudio

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

La versión 1.5 incluye formato SAM exportación, arquitectura ajustar, mejor optimización de código, más pequeño programa de tamaño binario, y actualizado engining dabase para un mejor rendimiento.