General Morden, el antagonista del primer juego está de vuelta una vez más con su ejército, decidido a conquistar el mundo. Corresponde a la escuadra halcón peregrino, que ahora están unidos por dos nuevos personajes:. Eri y Fio Germi Kasamoto de la Unidad de Inteligencia de los gorriones, para salvar el día
A medida que los niveles se desarrollan, resulta que Morden ha aliado con los marcianos para ayudar a facilitar sus planes. En el nivel final del juego, se cambian las tornas cuando Morden se ataca y es traicionado por sus aliados de Marte y es hecho prisionero por los mismos. Una alianza ad-hoc se forma entre el pelotón de halcón peregrino y el ejército del General Morden para combatir la mayor amenaza alienígena. Tras una larga batalla logran derrotar Mothership de los marcianos, llevándolos fuera de la Tierra.
Metal Slug 2 añade nuevas armas al arsenal del jugador. Un solo disparo de la pistola láser es capaz de matar a una columna de infantería, y el fuego sostenido vehículos destruidos rápidamente. Bomba de Fuego se encuentra en el segundo nivel de ayuda a despejar las momias.
El juego también incluye más vehículos de combate. Aunque tan susceptibles al fuego enemigo como el Metal Slug, estos vehículos proporcionados modos alternativos de transporte, y las ventajas asociadas a cada uno.
Metal Slug 2 introdujo la posibilidad a la franquicia para los personajes de transformarse en diferentes variantes durante el transcurso del juego. La primera transformación es uno en una momia durante la segunda misión del juego. Cualquier éxito de los ataques púrpura teñido de las momias variantes o pociones de los murciélagos se disparará la transformación. Esto provoca una reducción drástica de la velocidad de movimiento del jugador y la pérdida de cualquier arma especial.
Personajes momificados ocupan sólo una pistola, que disparan a una velocidad de un medio rápido de lo normal, y se toman el tiempo para lanzar una granada. Los jugadores no pueden usar el cuchillo cuando se transforma. Otro hit de niebla púrpura hará que el jugador, transformado como la momia, para quemar en una llama púrpura y morir. Hay antídotos ocultos a lo largo del nivel y de los enemigos y prisinors que pueden restaurar el jugador a su forma humana.
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