El mundo está temblando bajo la nueva amenaza de un virus cibernético misteriosa pero mortal que amenaza con atacar y destruir el sistema informático militar de cualquier nación. Con Tarma y Eri incapaces de ayudar debido a sus propias asignaciones en la materia, Marcos y Fio son llamados para investigar la situación y están unidas por dos recién llegados, Nadia y Trevor. En su investigación, el grupo descubre que una organización terrorista conocida como Amadeus está detrás de la trama nefasta y se dirigen a la batalla contra las fuerzas de Amadeus, con la esperanza de destruir el virus cibernético antes de que llegue la oportunidad de acabar con el sistema informático militar de todo el mundo.
Metal Slug 4 mantiene el mismo sistema de juego como los títulos anteriores, con la adición de algunos nuevos enemigos, jefes, armas, varios vehículos nuevos y un nuevo sistema de bonificación combo.
Se ha añadido un sistema de puntuación de bonificación que permite que el jugador será recompensado en función de cuántos enemigos están muertos en el tiempo asignado. El tiempo asignado se determina a partir del tipo de emblema que se recogió. Un medidor de tiempo aparecerá en la parte superior de la pantalla, y si el jugador vive hasta el final del nivel, que estará puntos adicionales por insignias que representan hazañas logradas. La selección de la ruta en Metal Slug 3 es retenido aquí también.
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