E-Cell System

Sistema E-Cell es un concepto de construir células virtuales en las computadoras.
Sistema E-Cell es una suite de software orientado a objetos para el modelado, simulación y análisis de sistemas complejos a gran escala, tales como las células biológicas, con arquitectura por Kouichi Takahashi y escritas por un maravilloso equipo de desarrolladores. Parte fundamental del sistema, E-Cell Simulation Environment versión 3, permite que muchos de los componentes impulsados ​​por múltiples algoritmos con diferentes escalas de tiempo para convivir.
Proyecto E-Cell es un proyecto de investigación internacional con miras al desarrollo de soportes teóricos necesarios, tecnologías y plataformas de software para permitir la simulación precisa de células enteras.
Sistema E-Cell consta de las tres partes principales siguientes:
- E-Cell Simulación de Medio Ambiente (o E-Cell SE)
- E-Cell Modelado de Medio Ambiente (o E-Cell ME)
- Análisis E-Cell Toolkit

Características

• bbli capacidades básicas:
• modelado y simulación de sistemas complejos orientada a objetos.
• Plug-in arquitectura. Nuevas clases de usuario a objetos se pueden desarrollar, cargan dinámicamente, y utilizados en la simulación.
• la interacción del usuario en tiempo real y la visualización durante la simulación.


• Secuencias de comandos:
• Python scripting de una sesión de simulación (manipulación de marcha / parada / parámetro / procesamiento de datos, etc ...).
• Python scripting de un experimento de simulación que involucra varias ejecuciones de las sesiones de simulación (como parámetro de ajuste, análisis de control metabólico, etc ..)
• Python scripting de la generación de archivo de modelo (por ejemplo, para la construcción del modelo automatizado de bases de datos).


• bbli Compatibilidades:
• SBML nivel medio de importación.
• SBML nivel medio de exportación.


• computación paralela:
• -Memoria compartida, paralelización multi-hilo de una sola sesión de simulación. (Que se fusionaron en la rama principal.)
• Cluster y la red distribuidos cálculo de varias sesiones de simulación. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• Esta versión añade varias correcciones de errores

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.1.107 RC2:

• Se ha corregido un error en ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Se ha corregido un error en ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

¿Cuál es nuevo en la versión 3.1.107 RC1:

• problema compilación fija en nuevos GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• pyecs integrado en pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc fusionado en ecell.ecs para evitar rarezas inicializador estático en alguna plataforma (incluyendo Mac OS X). (Moriyoshi)
• Dos interfaces GUI (sesión de monitor y modelo-editor) se renovaron ser dos paquetes de módulos de Python, ecell.ui.osogo y ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Trasladado a ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor que reside en eCell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Renombrado ecell.SessionManager a ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Eliminado las siguientes constantes de ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)