PathVisio

PathVisio es un código abierto y aplicación gráfica totalmente gratuito implementado en el lenguaje de programación Java y diseñado desde el principio para ser utilizado para la visualización, análisis y edición de rutas biológicas bajo un operativo GNU / Linux system.Can ser utilizado para dibujar rutas , vincular software entitiesThe biológica permite a los usuarios dibujar caminos, vincular entidades biológicas (proteínas o genes) a los datos biológicos, utilizando identificadores de base de datos, editar vías, así como para analizar las vías. Con PathVisio usted también será capaz de asignar los datos experimentales, como los microarrays de datos, y visualizarlo en la parte superior del dibujo vía existente.
Además, usted será capaz de seleccionar una base de datos de genes, seleccione una base de datos metabólico, ver estadísticas, datos de expresión de importación, seleccione de conjuntos de datos de expresión, las vías de búsqueda, leyenda vista, manipular objetos, proyectos de importación, así como para instalar y gestionar plugins, lo cual puede añadir funcionalidad adicional a los app.Requires ninguna aplicación installationThe se puede utilizar sin necesidad de instalarlo en su sistema operativo GNU / Linux. Todo lo que tienes que hacer es descargar el paquete binario de Softoware, guarde el archivo en una ubicación de su elección, extraerlo mediante una utilidad de gestor de archivos, abra el directorio extraído y, haga doble clic en el pathvisio.jar file.Under la hoodWhile teniendo un rápido vistazo bajo el capó del software PathVisio, we & rsquo; he dado cuenta de que la aplicación está escrita completamente en el lenguaje de programación Java, y que su interfaz gráfica de usuario ha sido diseñado con las últimas tecnologías Java Swing. We & rsquo; hemos probado con éxito la aplicación en equipos de apoyo, ya sea de los architectures.Runs CPU 32 o de 64 bits en cualquier sistema operativo donde Java está supportedBeing escrito en el lenguaje de programación Java, PathVisio se puede declarar una aplicación independiente de la plataforma que soporta GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris y cualquier otro sistema operativo en el que se apoyan las últimas tecnologías Java

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• 31 de enero 2014: versión de corrección de errores
• términos GeneOntology ahora se eliminan de los resultados de la búsqueda para las anotaciones
• DataNodes necesitan ser anotada con la identificación y origen de datos o nada (ahorro de nodos de datos con sólo ID o fuente de datos no está permitido ya)

¿Qué hay de nuevo en la versión 3.1.2:

• Mayor error en el módulo de importación de archivos fijo: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.11:

• Guardar automáticamente
• Zoom con la rueda de desplazamiento
• Selección de líneas es fácil: ya no es necesario hacer clic en el píxel exacto
• Ahora con dos métodos para la sobrerrepresentación análisis; una vía orientada y uno orientado a datos

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.10:

• Una nueva forma de dibujar rectángulos redondeados para evitar estirar efecto
• Varios pequeñas correcciones de errores

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.9:

• Nuevo tipo de conector para el conector de longitud arbitraria y arbitraria ángulos
• Nueva & quot; componente celular & quot; propiedad para almacenar el significado biológico de un compartimiento
• Nueva & quot; doble & quot; tipo de línea (especialmente útil para los orgánulos de doble membraned)
• hipervínculos Clickable en vías
• ver hito: & quot; milestone_27 & quot; para obtener una lista completa de correcciones de errores

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.8:

• La mejora de las formas de los componentes celulares
• Unas mejoras de usabilidad como copiar / pegar en el menú emergente
• ver hito: & quot; milestone_26 & quot; para obtener una lista completa de correcciones de errores

¿Cuál es nuevo en la versión 2.0.7:

• Iconos de la barra de herramientas y nuevo panel lateral para que sea más fácil para seleccionar los tipos de flechas y formas (liubing gracias)
• bases de datos vía se incluyen como fuente de datos, de modo que usted puede agregar vínculos de una vía a otra
• BioPAX convertidor se ha mejorado y produce documentos BioPAX más válidos.
• nuevo tipo de conector que los puntos individuales pueden ser manipulados (leonth gracias)
• El número de fuentes de datos se ha aumentado a más de 180
• ver hito: & quot; milestone_25 & quot; para obtener una lista completa de correcciones de errores

¿Cuál es nuevo en la versión 2.0.6:

• El número de anclajes en una forma se puede aumentar del valor predeterminado 12.
• Una leyenda de la visualización de datos puede ahora ser mostrado en la imagen vía propia. Previamente sólo era visible en un panel lateral.
• ver hito: & quot; milestone_24 & quot; para obtener una lista completa de correcciones de errores

¿Cuál es nuevo en la versión 2.0.4:

• mejorado el formato de texto de formas, etiquetas y DataNodes
• muchas más formas para DataNodes
• coordenadas sencilla píxeles
• set color de fondo en DataNodes

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.3:

• La más notable en esta versión es el nuevo esquema XML para el formato vía GPML (versión 2010a). Este nuevo formato de vía permitirá a muchas nuevas capacidades gráficas el futuro, usted puede mirar adelante a algunos de los que aparecen en la siguiente versión.
• Otras nuevas características:
• anclas invisibles son realmente invisible, al menos cuando algo está conectado a ellos (Gracias a Margot)
• opción -v extra (gracias a Mark)
• Base de datos seleccionado actualmente se muestra correctamente en la barra de estado de nuevo
• Muchos de los nuevos puntos de extensión para los desarrolladores de plugins
• ver hito: & quot; milestone_21 & quot; para obtener una lista completa de correcciones de errores

¿Qué hay de nuevo en la versión 2.0.1:

• Mejora del algoritmo para conectores automáticos que apuntan a un ancla .
• Mejora dibujo de tipos de flechas que tienen un corto & quot; espacio de separación al final.
• Como el servicio freemail thawte ha sido cancelada, actualizamos nuestro certificado de seguridad
• El espectador Camino historia tuvo un error en el que se consideró cada línea modificada, aunque no lo era. Esto se ha solucionado.

Requisitos :

• Edición Oracle Java Standard Runtime Environment