QuasiRecomb

QuasiRecomb es una ligera aplicación que se ejecuta en la consola de comandos, la simulación de un modelo de Markov para generar Quasiespecies virales. Se describe la generación de las cuasiespecies virales y un método para inferir sus parámetros mediante el análisis de los datos de secuenciación de nueva generación. El modelo se valida en los datos simulados y de la ventaja de tomar explícitamente el proceso de recombinación en cuenta, y se prueba mediante la aplicación a lecturas obtenidas a partir de muestras experimentales contra el VIH. Ofrece una implementación del algoritmo EM para encontrar estimaciones de máxima a posteriori de los parámetros del modelo y un método para estimar la distribución de cepas virales en las cuasiespecies

Requisitos :.

Java