El Spindel es un enfoque alternativo para la identificación biológica basado en la longitud de RNA ribosomal (rRNA) regiones de genes. En general, los alineamientos de secuencias de genes de ARNr primaria de diferentes especies muestran regiones alternas de conservación de nucleótidos y variación, tanto en términos de sustituciones de nucleótidos (comúnmente llamados "SNPs") y de inserción / deleción (indel) eventos. La presencia de indeles resultados en las secuencias de diferentes longitudes y presenta lagunas en la alineación, normalmente indicadas por un guión "-".
Nuestro concepto para la identificación biológica utiliza rRNA secuencias de genes como sigue: regiones conservadas se utilizan para definir segmentos variables ("Spindel regiones hipervariables") en el que una combinación de longitudes de secuencia es característico de cada especie (un "perfil Spindel"). Por lo tanto, cada especie pueden ser definidos por un perfil numérico único.
En teoría, una encuesta de sólo 6 regiones hipervariables con 20 alelos cada uno (o 11 regiones con 5 alelos cada uno) es suficiente para discriminar todas las especies eucariotas en la Tierra, que se estima entre 5 y 15 millones en número. En la práctica, Spindel es capaz de discriminar 93,3% de las especies eucariotas con baja variación intraespecífica y alta resolución filogenética.
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