POY

POY es un programa de análisis filogenético que admite varios tipos de datos (por ejemplo, morfología, nucleótidos, genes y regiones de genes, cromosomas y genomas enteros). POY es particular, porque se puede realizar una verdadera alineación y la filogenia inferencia es decir, secuencias de entrada no necesitan ser prealigned. Las inserciones, deleciones y reordenamientos, a continuación, pueden ser incluidos en la puntuación global árbol bajo máxima parsimonia, o en el modelo bajo máxima verosimilitud. Una variedad de algoritmos heurísticos se han desarrollado para este fin y se implementan en POY.