ImageSurfer es un programa de formación de imágenes en 3D libre para microscopía. Se permite a los investigadores visualizar y analizar los volúmenes de varios canales 3D y 4D (time-lapse). ImageSurfer proporciona varias herramientas de restauración de imagen, incluyendo algoritmos de deconvolución (filtro Wiener, limitada probabilidad iterativo y máximo) para eliminar la borrosidad introducido por el sistema de imágenes. Para la visualización, ImageSurfer ofrece varias técnicas de volumen y de representación de la superficie. El software también tiene un innovador modo de isosurface de color que proporciona una visualización cualitativa de la correspondencia entre dos canales.
A "extractor rebanada" permite al usuario examinar una sección transversal del volumen tomada en cualquier orientación. La rebanada capturado puede ser visualizado como una imagen 2D tradicional o como una representación de alivio 3D en el que la intensidad de la imagen se codifica como la altura. Para investigar más superposición espacial entre las estructuras, el investigador puede utilizar los datos de otro canal para colorear la representación relieve 3D. Para la cuantificación, los valores de intensidad de la señal pueden ser muestreados en rodajas capturados a lo largo de una spline definida por el usuario. Además de tomar instantáneas de las representaciones en 3D y la generación de películas, modelos 3D también se pueden exportar como archivos OBJ o VRML (realidad virtual lenguaje de modelado); Archivos VRML se pueden ver dentro de los navegadores Web utilizando un plug-in gratuito. Ambos tipos de archivos se pueden importar en programas de renderizado 3D populares para su posterior procesamiento, y en Acrobat 3D para producir documentos que se pueden ver de forma interactiva con Adobe Reader 8.
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