Malign

Las múltiples procedimientos de alineación implementadas en MALIGN estrechos paralelismos con los que se utilizan para buscar cladogramas de longitud mínima. Los comandos de la lógica y del programa serán evidentes para aquellos familiarizados con programas como Hennig 86, NONA, y PAUP. Topologías de alineación se construyen a través de diferentes secuencias y mejorar a través de intercambio de rama. Cada topología de alineación produce un alineamiento múltiple y cladogramas se construye a partir de esa alineación. El costo de la cladograma más parsimonioso es asignado entonces como el costo de alineamiento múltiple.