Swiss-PdbViewer (aka DeepView) es una aplicación que proporciona una interfaz fácil de usar que permite analizar varias proteínas al mismo tiempo. Las proteínas se pueden superponer con el fin de deducir las alineaciones estructurales y comparar sus sitios activos o cualesquiera otras partes pertinentes. Mutaciones de aminoácidos, enlaces de H, ángulos y distancias entre los átomos son fáciles de obtener, gracias a la interfaz gráfica y un menú intuitivo.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) ha sido desarrollado desde 1994 por Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer está estrechamente vinculada a SWISS-MODEL, un servidor de homología de modelado automatizado desarrollado en el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) en el Grupo de Bioinformática Estructural en el Biozentrum en Basilea.
El trabajo con estos dos programas reduce enormemente la cantidad de trabajo necesario para generar los modelos, ya que es posible enhebrar una secuencia primaria de proteínas en una plantilla en 3D y obtener una retroalimentación inmediata de lo bien que va a ser la proteína roscado aceptado por la estructura de referencia antes de presentar una solicitud para construir lazos perdidos y refinar cadena de embalaje.
Swiss-PdbViewer también puede leer mapas de densidad de electrones, y proporciona diversas herramientas para construir en la densidad. Además, varias herramientas de modelado son archivos integrados y comandos para los paquetes de minimización de energía populares se pueden generar.
Por último, como un bono especial, escenas POV-Ray se pueden generar a partir de la vista actual con el fin de crear impresionantes imágenes de calidad de trazado de rayos.
¿Qué hay de nuevo en esta versión:
- El átomo Timina C6 es ahora correctamente cargado
- Fija la salida de bucle sin fin POV-Ray en la versión para PC
- El accidente ocasional al guardar los archivos PDB (como 2i37) en el PC se ha fijado
- Se ha actualizado la dirección de la Uppsala Electron Densidad Map Server
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