Los principales eventos de la segunda parte del juego se desarrollan 200 años después del final de la Guerra de Klissan, en 3300. La humanidad mantiene relaciones con otras cuatro civilizaciones desarrolladas de nuestra Galaxia: los Maloq, los Pelengs, los Faeyanos y los gaalianos.
Esta vez una fuerza nueva y aún más peligrosa amenaza al Galaxy. Una nueva forma de vida cibernética extremadamente peligrosa aparece en uno de los planetas que solían estar bajo el control Klissan: poderosos robots de combate, que no solo son capaces de llevar a cabo las órdenes que se les dan, sino que también tienen un intelecto propio. Poseídos por sus propios programas, las máquinas de batalla llegan al espacio diseminando miedo y terror a través de los mundos habitados.
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