NeuronVisio

NeuronVisio conecta con NEURONA utilizando la nueva interfaz de Python neurona.
Instalación:
Para instalar NeuronVisio que necesita para satisfacer las siguientes dependencias
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visual
& Nbsp; * matplotlib
Fácil Instalación
La forma más fácil de llegar neuronvisio es si usted tiene setuptools instalados:
easy_install neuronvisio
Sin setuptools, aún así es bastante fácil. Descargue el archivo neuronvisio.tgz de la página de neuronvisio Cheeseshop, descomprimirlo y ejecutar:
python setup.py install
Documentación
La documentación está disponible en la carpeta doc o en línea.
Inicio rápido
Este código es sólo para dar una idea de cómo utilizar el módulo nrnvisio:
1. fuego hasta una consola ipython con interruptor pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Si no se utiliza el interruptor no verá ningún gráfico.
2. Importe el módulo:
& Nbsp; de neuronvisio.controls Control de las importaciones
& nbsp; controles = Controles ()
Cuando se inicia nrnvisio se puso en marcha el hilo. En este hilo de todo el proceso de nrnvisio sucederá sin el bloqueo de la consola.
Como un ejemplo rápido el siguiente código:
& Nbsp; 1. Crea una única sección llamada soma
& Nbsp; 2. Inserte un canal Hodgkey-Huxley y una conductancia pasiva
& Nbsp; 3. Inserte un alphaSynapse proporcionar un stimul.
Un ejemplo rápido puede ser el siguiente ::
Controles de nrnvisio.controls importación
Controles Controles = () # Inicio de la GUI
de neurona importación h # Obtener el HocInterpreter
soma = h.Section () # Creación de una sección
soma.insert ('hh') # Inserción de un canal de HH
soma.insert ('pas') # insertar una conductancia pasiva
syn = h.AlphaSynapse (0.5, seg = soma) de entrada # sináptica
syn.onset = 0.5 # cuando al fuego
syn.gmax = 0,05 # la conductancia de la sinapsis
syn.e = 0 # el potencial de inversión
Más ejemplo, en el show de directorios de ejemplo cómo utilizar Neuronvisio con el modelo más complejo

Características :.

• visualización del modelo en 3D con la posibilidad de cambiarlo runtime
• Creación de vectores para registrar las variables presentes en la sección
• Integración Pylab para trazar directamente el resultado de la simulación
• Exploración del timecourse de cualquier variable entre el tiempo utilizando una escala de un código de colores
• la interfaz gráfica de usuario se ejecuta en su propio hilo, así que es posible utilizar la consola (ipython fuertemente sugerido)

Requisitos :

• Python