Topographica

Topographica es un paquete de software para el modelado computacional de mapas neuronales.
El objetivo es ayudar a los científicos a entender las funciones del cerebro a nivel de los mapas topográficos que conforman los sistemas sensoriales y motores.
Topographica pretende complementar los muchos buenos simuladores de neuronas de bajo nivel que están disponibles, tales como Génesis y Neuron. Estos simuladores se centran en la modelización del comportamiento interna detallada de las neuronas y pequeñas redes de ellos.
Topographica lugar se centra en la estructura a gran escala y la función que es visible sólo cuando muchos miles de tales neuronas están conectadas en mapas topográficos que contienen millones de conexiones.
Muchos fenómenos importantes no puede ser estudiado sin tales redes de gran tamaño, incluyendo la organización de dos dimensiones de la orientación visual y los mapas de dirección de movimiento, y el objeto segmentación y procesos de agrupación.
Para hacer tales modelos práctico, en Topographica la unidad fundamental es una lámina de neuronas, en lugar de una neurona o una parte de una neurona.
Para la mayoría de las simulaciones, las hojas se pueden implementar en un alto nivel, que consiste en-velocidad de disparo abstracta o neuronas de integración y de fuego.
Cuando sea necesario para la validación o de fenómenos específicos, Topographica fácilmente se puede ampliar mediante una hoja que se conecta a los modelos de neuronas más detalladas en otros simuladores.
Hojas detallados-Less también se pueden utilizar temporalmente, por ejemplo, al interactuar con el modelo en tiempo real.
En todo momento, Topographica hace que sea fácil de usar un adecuado nivel de detalle y complejidad, según lo determinado por la potencia disponible de computación, los fenómenos de interés, y la cantidad de datos biológicos disponibles para su validación.
La figura de arriba a la derecha muestra un ejemplo modelo Topographica de las primeras etapas en el sistema visual, el modelado de la forma de entrada de la retina se transforma por el tálamo, la corteza visual primaria, y las áreas corticales superiores. Debido Topographica es un mapa simulador de propósito general, también es compatible con cualquier otra modalidad sensorial que se organiza en mapas topográficos, como el tacto y el oído, así como las áreas motoras.
Topographica está libremente disponible para descarga, y es un proyecto de código abierto cuyas capacidades pueden ser prorrogada y modificada por cualquier usuario. Damos la bienvenida a las contribuciones de los usuarios, e invitamos a las personas interesadas a unirse a nuestro equipo de desarrollo distribuido globalmente.
Aunque el código está todavía en desarrollo muy activo, es en el uso diario en numerosos proyectos de investigación y las clases académicas.
Dado el rápido ritmo de desarrollo actual, siendo un desarrollador es probablemente la mejor manera de mantenerse al día con todos los cambios.