GAMGI

GAMGI es un proyecto de software de código abierto y totalmente gratuito diseñado desde cero para ser utilizado para crear y analizar estructuras atómicas. Cuenta con una interfaz gráfica de usuario que es simple, limpia, fácil de usar y potente.

La aplicación admite una amplia gama de estructuras atómicas, como cristales, moléculas, líquidos y gafas. También es compatible con los 230 grupos de espacio cristalográfico y se puede utilizar para realizar análisis 3D de Voronoi y simetría de punto.

GAMGI admite muchos tipos de objetos, incluidos Texto, Orbital, Enlace, Átomo, Dirección, Plano, Grupo, Molécula, Grupo, Celda, Flecha, Forma, Gráfico, Ensamblaje, Luz, Capa y Ventana. Además, el programa ofrece el máximo control sobre objetos de bajo nivel como átomos.

Entre otras características, podemos mencionar la capacidad de construir estructuras RCP (Random Close Packing), cristales para cualquier grupo espacial de simetría, así como poliedros de coordinación y Voronoi para estructuras aleatorias. También puede determinar cualquier grupo de puntos de simetría.

Viene con una documentación completa

Otra característica interesante es la capacidad de realizar acciones en una lista de objetos o un solo objeto que se destacó previamente. Viene con documentación completa y datos atómicos, incluidos los datos isotópicos y el radio iónico. Además, el software puede manipular una gran cantidad de ventanas independientes, luces, incluidas las capas puntuales, direccionales y posicionales con diversas visibilidades, referencias, ventanas gráficas o proyecciones, así como también fuentes de texto en 3D que pueden ser acariciadas o extruidas.

La aplicación GAMGI también se puede usar en escuelas y universidades para enseñar la estructura atómica de la materia. Es la herramienta perfecta para los científicos que trabajan en modelos atomísticos, así como para aquellos que necesitan una aplicación de código abierto para estudiar estructuras atómicas y preparar imágenes para sus presentaciones.

¿Qué hay de nuevo? en este lanzamiento:

• Help- & gt; Archivos de configuración actualizados para objetos Light y Atom.
• Árboles sincronizados gamgi-g y gamgi-x.
• Actualizado gamgi_expat_import_object: la importación de datos del objeto Cell a archivos XML con las nuevas reglas de configuración debería funcionar bien.
• Actualizado gamgi_expat_export_object: la exportación de datos del objeto Cell a archivos XML con las nuevas reglas de configuración ahora está funcionando bien.
• En Cell- & gt; Crear y Cell- & gt; Modificar, vectores de origen y vectores de ejes ahora se actualizan automáticamente para las opciones predeterminadas (convencionales o primitivas) cuando el modelo cambia.
• Celdas reemplazadas-& gt; borders = FALSE por cell- & gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE, en motor, gtk, expat y código de mesa.
• Se actualizó gamgi_expat_export_config: exportar datos de configuración de celda a archivos XML ahora está funcionando bien
• Actualizado gamgi_expat_import_config: la importación de datos de configuración de celda desde archivos XML está funcionando bien
• Se mejoró el cuadro de diálogo Configuración de Cell-& gt; para controlar también los valores predeterminados para Modelo, Bordes, Caras y Nodos.
• Diálogos de configuración de Object- & gt; rediseñados: ahora los datos de configuración están separados en datos predeterminados (en las páginas con los mismos nombres que en Object- & gt; Crear diálogos) y datos globales (que se aplican a todos los objetos, antiguos y nuevo), en la página del cuaderno Global (última). Diálogos afectados: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Implementé el diálogo e infraestructura de Cell-& gt; Config. El tamaño de las líneas del borde de la celda, los puntos del nodo y los ejes del vector ahora se pueden establecer globalmente para todas las celdas en GAMGI, una función que se necesita con urgencia. Los valores predeterminados para el color de la celda y el uso de los ejes también se han establecido.
• Se corrigió un problema en gamgi_gtk_bond_create: el color establecido en static_init ignoraba los datos de configuración anteriores.
• Se corrigió un problema en gamgi_mesa_draw_pick y gamgi_mesa_draw_grab: el ancho del punto de representación de la celda se estableció en ancho de línea en lugar de ancho de punto.

Qué hay de nuevo en la versión:

• Se corrigió un error recién introducido: no podemos reparar la imagen GDK después de eliminar un contexto GL. Acabo de eliminar este código. Aparentemente, GTK hace esto cuando se destruye el widget.
• Mejorado gamgi_gtk_area.c, utilizado en la versión X de GAMGI, que reemplaza la biblioteca GTKGLExt por nuestro propio código basado en GLX. ¡Javier Cabezas transfirió este código a GTK 3 y está funcionando bien! Cambios a la inversa, por lo que las diferencias entre el código para GTK 2 y GTK 3 son absolutamente mínimas.
• No podemos usar colores r, g, b debido a los ejes de las celdas a, b, c.
• Diseño mejorado de Ejes en Orbital- & gt; Crear y Orbital- & gt; Diálogos de modificación.
• Se cambió el modelo de etiqueta a Ámbito en Orbital- & gt; Crear y Orbital- & gt; Modificar y cambiar la interfaz de Ayuda según corresponda.
• Comprobó todas las páginas de documentación de formatos de ayuda.
• Documentación de ayuda actualizada para formatos de clúster.
• cluster- & gt; las matrices de pinturas ya no tienen terminación cero.
• ramas sincronizadas gamgi y gamgi_exp.
• En archivos XML, en elementos de grupo, reemplazó el tipo de atributo por referencia.
• Documentación de ayuda actualizada para formatos de plano y dirección.
• Documentación de ayuda actualizada para interfaces y formatos de grupo.
• Renovó la marca registrada de la UE GAMGI hasta 2024.
• Actualizó el código fuente y la licencia de documentación a GPL v3.
• Empezó a usar sha256sum para sumar todos los archivos de distribución.
• Renovó el registro del nombre de dominio gamgi.org hasta 2020.

Qué hay de nuevo en la versión 0.17:

• Se corrigió un error de archivo MAKE (introducido en gamgi0.15.6) en la rama GAMGI que no requiere la biblioteca GtkGlExt: make_rules contiene dependencias gtkglext que no deberían estar allí.
• Planos, ahora las instrucciones se pueden seleccionar mediante una red de proyección: Wulff o Schmidt.
• Código sincronizado, documentación y archivos de datos entre los árboles de distribución gamgi y gamgi_exp.
• Se revisaron los archivos dat / orbitales XML para actualizar los atributos de los ejes orbitales.
• Comprobó todos los archivos dat / XML para reemplazar el tipo de atributo por etiqueta, en elementos atómicos.
• Comprobó todos los archivos dat / XML para reemplazar el tipo de atributo por modelo, en plano, dirección, elementos de celda.
• En aras de la coherencia, reemplazó globalmente la proyección del nombre por la red en el código de dirección y el elemento plano y los elementos XML.
• En aras de la coherencia, reemplazó globalmente el tipo de nombre por modelo en celda, plano, código de dirección y elementos XML.
• Se cambió la etiqueta Tipo a Modelo en Cell- & gt; Crear y Cell- & gt; Modificar.
• Se cambió el método de la etiqueta para escribir en Bond- & gt; Crear.
• Ayuda actualizada y & gt; Formatos de documentación para objetos Plane Plane y Direction.
• Ayuda actualizada & & gt; Documentación de interfaces para Tipo y proyección en Plane-& gt; Crear, Plano & gt; Modificar, Dirección & gt; Crear, Dirección & gt; Modificar.
• La temperatura atómica de Debye-Waller ahora puede tomar valores solo entre 0.0 (azul) y 100.0 (rojo) como es habitual en este análisis.
• Documentación actualizada de interfaces y formatos para objetos Bond.
• Se corrigió la temperatura atómica de Debye-Waller predeterminada: el nuevo valor es 0.0, que corresponde a un átomo con una posición conocida.
• Documentación actualizada de formatos para objetos Atom y Cell.
• Help- & gt; Current y Help- & gt; Topic ahora puede leer la documentación de Orbital- & gt; Modificar.
• Escribió documentación para Orbital- & gt; Modificar.
• Documentación actualizada para Orbital- & gt; Crear.
• Los ejes orbitales ahora se manejan de una forma mucho más simple, en Orbital- & gt; Crear, Orbital- & gt; Modificar y archivos nativos XML.
• Orbital- & gt; Select ahora funciona bien para todas las opciones, incluidas las muchas propiedades que se pueden usar para seleccionar orbitales.
• Simplificado ligeramente las funciones gamgi_gtk_select _ *. c.
• Se corrigieron dos errores en el código de orbitales H, introducidos en GAMGI 0.16.6: 1) los términos rho ** L (de polinomios de Laguerre) y 1 / r ** L (de funciones de Legendre) se cancelan entre sí , aparte de una constante que faltaba. 2) el cálculo del radio predeterminado no tenía el término rho ** L.
• Las listas de planos ahora se pueden seleccionar por modelo: polígono, poste, rastro, vector.
• Las listas de Direcciones ahora se pueden seleccionar por modelo: Línea, Polo, Rastreo.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.8:

• En Proyecciones estereográficas, se eleva ligeramente la altura z en los mapas de bits de los polos (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), por lo que siempre aparecen encima de las trazas. Esto soluciona un problema visual pero también hace que sea mucho más fácil seleccionar polos con trazas, ya que los colores están ahora claramente separados.
• Sucursales de código gamgi y gamgi_exp sincronizadas.
• Actualización de static_press en Plane- & gt; Modificar y Direccional- & gt; Modificar para que el nombre del objeto no se sobrescriba mediante la configuración automática del nombre.
• El cambio automático de nombre en Plane- & gt; Modificar y Dirección- & gt; Modificar funciona bien ahora, para planos cristalográficos, direcciones.
• Encontró y eliminó un error en Plane- & gt; Crear y dirección- & gt; Crear: en algunos casos, se ignoró el nombre del objeto indicado por el usuario.
• Encontró y eliminó un error grave en Plane- & gt; Crear y Dirección & gt; Crear: después de crear planos / direcciones usando listas creadas previamente con el cuadro de diálogo de segundo nivel de Lista, estos no se restablecieron correctamente. En algunas circunstancias, esto podría bloquear GAMGI.
• Encontró y eliminó un error en Plane- & gt; Crear y Dirección & gt; Crear: Polo y Rastreo no se crearon simultáneamente, cuando era necesario, solo uno cada vez.
• Orbital- & gt; Select ahora está funcionando. Las listas de orbitales se pueden copiar, vincular, seleccionar, modificar, eliminar, como para otros objetos.
• Sucursales de código gamgi y gamgi_exp sincronizadas.
• Fixed Cell- & gt; Link: está funcionando (de nuevo) bien para listas de Celdas, en Objeto (arriba y abajo), modos Cristal y Aleatorio.
• Encontró y eliminó un error simple pero grave: cuando se abrían varias ventanas y una lista de objetos estaba activa y seleccionada como el objeto actual, Restablecer (pero no Salir) bloqueaba Gamgi.
• Cell-& gt; Link Random (RCP) no funcionaba: se reemplazó por un código anterior. Cell-& gt; Link necesita más trabajo.
• Compilando de nuevo con el indicador -O3.
• Se corrigió un error grave en todos los cuadros de diálogo Seleccionar Objeto & gt; en el método Región: cuando el rectángulo de muestreo no estaba completamente dentro del área gráfica, algunos de los colores muestreados no estaban definidos y GAMGI se bloqueaba al presionar Aceptar. Los accidentes se detectaron hace mucho tiempo, pero la causa no estaba clara hasta ahora.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.7:

• Árboles de datos gamgi / dat y gamgi_exp / dat sincronizados.
• Árboles de documentación gamgi / doc y gamgi_exp / doc sincronizados.
• Árboles de códigos gamgi / src y gamgi_exp / src sincronizados.
• Se corrigieron más fallas en la GUI en Orbital- & gt; Modificar.
• Orbital fijo- & gt; Modificar bloqueos: los puntos orbitales- & gt; deben restablecerse a 0.
• www.gamgi.org y ftp.gamgi.org ahora se sirven desde una VM alojada en el centro de TI de la Universidad de Lisboa. Con suerte, esto significa conexiones más confiables y menos tiempo de inactividad.
• El cambio automático de nombre en Orbital- & gt; Modificar funciona bien ahora.
• El cambio automático de nombre en Atom- & gt; Modificar funciona bien ahora.
• Se implementó el cambio automático de nombre en Atom- & gt; Modificar.
• Se implementó el cambio automático de nombre en Orbital- & gt; Modificar.
• Orbital- & gt; Modificar ahora funciona para orbitales individuales. Las listas de orbitales deberían estar funcionando en la próxima versión.
• Traducción, rotación, ahora funcionan bien para Orbital- & gt; Modificar.
• static_apply para Orbital- & gt; La modificación se realiza principalmente.
• Completó static_grab para Orbital- & gt; Modificar.
• Se agregó static_ok_global y static_ok_local para Orbital- & gt; Modificar.
• Completó static_press para Orbital- & gt; Modificar.
• El comportamiento de GUI para Orbital- & gt; Modificar casi ha finalizado.
• Comenzó a trabajar en Orbital- & gt; Modificar y Orbital- & gt; Seleccionar.
• Actualizó gamgi_mesa_pick.c y gamgi_mesa_grab.c para tener en cuenta representaciones sólidas de orbitales.
• Se corrigió un pequeño error en el código de dibujo de la mesa de los ejes orbitales.
• Los polinomios de Laguerre tienen un factor r ** L (L = número cuántico angular) que cancela exactamente con el factor 1 / r ** L de las funciones de Legendre, por lo que las descripciones matemáticas de los orbitales H son mucho más simples. ¡Gracias a Jose Luis Martins por señalarme esto! Para tales bajas densidades de probabilidad (1E-6), los problemas numéricos son tan sensibles que las representaciones visuales orbitales son un poco diferentes, incluso para L = 1, después de esta simplificación.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.6:

• Árboles de códigos fuente gamgi / dat y gamgi_exp / dat sincronizados.
• Árboles de código fuente gamgi / src y gamgi_exp / src sincronizados.
• Capturas de pantalla adicionales que muestran las nuevas representaciones de orbitales.
• Se aumentó ligeramente la precisión theta, phi al determinar el radio de muestreo predeterminado orbital: probado contra (6,5, -5) orbital (6hy5).
• Código depurado para realizar la interpolación de la señal en orbitales sólidos. Está funcionando bien ahora! ¡Este fue realmente el último obstáculo para tener una representación orbital de clase mundial en GAMGI! Tiempo para capturas de pantalla! En el futuro trataremos de reducir el número de vértices, normales y triángulos, y podríamos implementar el sombreado Gorauld, pero nada de esto cambiará las capacidades científicas y visuales de nuestro modelo actual. ¡Una copa de puerto para celebrar!
• Implementé un método para realizar la interpolación de la señal en orbitales sólidos, para resolver el problema de inexactitud en el cambio de señal encontrado anteriormente.
• Código limpio en gamgi_chem_orbital.c y gamgi_chem_orbital.h.
• Se corrigió un error: la densidad de probabilidad orbital no se exportaba correctamente a los archivos XML.
• Los ejes orbitales ahora son más simples de usar y tienen más opciones.
• El código de señal funciona ahora: los orbitales 3D se ven realmente fantásticos, pero el código de señal debe ser refinado, ya que la falta de interpolación produce demasiado ruido visual cuando cambia la señal.
• Se corrigió el código para intercambiar triángulos positivos y nectivos.
• Se corrigió el código de interpolación de señal en static_edge.
• Resolvió un problema de interpolación relacionado con el efecto orbital isosurface cebolla: fracción de fuerza al rango [0,1].
• Orientación del borde del código sólido orbital fijo: esto es necesario para una interpolación exacta.
• Inconvenientes numéricos fijos: solo un error que divide los cubos (como en un tablero de ajedrez en 3D). Se ve muy bien ahora!
• Depuró el código 3D orbital sólido, aparentemente está funcionando bien, todavía con algunos errores numéricos en la superficie.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.5:

• Ahora se pueden exportar objetos orbitales, importarlos a GAMGI archivos XML nativos. Se reemplazó la rutina recursiva static_outside por una versión loop y stack, eliminando así un cuello de botella crítico en el código orbital sólido. Fugas de mem fijas en código GTK, errores sintaxis en la selección de objetos por color, advertencias debidas a variables no utilizadas, etc.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.4:

• ramas fuente gamgi y gamgi_exp sincronizadas.
• Actualizado make_local, para incluir las rutas: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, utilizado por Ubuntu.
• Se corrigió un error en el nuevo código orbital sólido: la prueba de longitud r tiene sentido en la representación cableada pero no en la sólida.
• El nuevo código recursivo funciona para matrices de bits tan grandes como 160x160x160, en el peor de los casos.
• El código recursivo para encontrar superficies externas se bloquea para matrices de bits mayores de 50x50x50. Buscando una alternativa de bucle.
• Código orbital: la interpolación de la función de onda para producir la representación basada en triángulos está funcionando realmente bien.
• ¡La representación sólida bidimensional basada en triángulos de superficies planas en orbitales basados ​​en H está ahora bien probada y funciona bien! Esto es crucial para construir una representación basada en octantes de estos orbitales, donde los usuarios pueden elegir qué octantes mostrar.
• Se agregaron espejos nuevos, http://atom.ist.utl.pt y ftp://atom.ist.utl.pt, para albergar en el futuro gamgi.org.
• Agregó una buena estructura y archivos de información para el cuarzo beta a alta temperatura, la beta-cristobalita y la beta-trydimita.
• Se implementó un nuevo mirror: http://gamgi.ist.utl.pt/ o http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Simplifica la forma en que los octantes de H-Orbital se seleccionan en modo alámbrico.
• Para cada octante H orbital, escribió el código topológico para construir todos los triángulos necesarios para describir la isosuperficie exterior 3D (algoritmo de tetracubos), más los límites internos de octante 2D.
• Para cada octante H orbital, escribió y probó el código de matriz de bits necesaria para eliminar las isofumerías internas y mostrar solo la externa.
• Simplificó el código binario de octante en gamgi_chem_orbital.c.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.3:

• Legibilidad mejorada en todos los cuadros de diálogo Objeto- & gt; Copiar.
• Se agregó documentación para Orbital- & gt; Crear, Orbital- & gt; Copiar, Orbital- & gt; Enlace y Orbital- & gt; Eliminar.
• Ayuda mejorada- & gt; Tema actual y Ayuda- & gt; para asignar Orbital- & gt; Crear, Orbital & gt; Copiar, Orbital & gt; Enlace, Orbital & gt; Eliminar.
• Árboles gamgi y gamgi_exp sincronizados.
• Orbital- & gt; El enlace funciona ahora correctamente (las listas de orbitales aún no están implementadas).
• Se corrigió una falla en todos los archivos link_object.html, lo que dio como resultado un mensaje de error GAMGI cuando el subsistema de Ayuda intentó abrir uno de estos archivos.
• Orbital- & gt; Copiar ahora está funcionando bien (listas de orbitales aún no implementados).
• Orbital- & gt; Eliminar funciona ahora correctamente (listas de orbitales aún no implementados).
• Comenzó a crear los cuadros de diálogo Orbital- & gt; Copiar, Orbital- & gt; Enlace y Orbital- & gt; Eliminar.
• El diseño de Octants, en el cuadro de diálogo Crear de Orbital- & gt; ahora es mucho más intuitivo.

Qué hay de nuevo en la versión 0.16.2:

• Versiones gamgi / (con GtkGLExt) y gamgi_exp / (con GLX) sincronizadas.
• Los octantes del volumen de filtrado ahora funcionan bien para los orbitales H.
• Búsqueda completa de los mejores valores predeterminados para orbitales basados ​​en H. La densidad predeterminada es 1E-6, que se necesita para mostrar todas las regiones en orbitales 6s. Points es 50000 x n, que es un compromiso razonable. El radio por defecto se calcula escaneando desde el último máximo en densidad radial f2r2, más una longitud mínima de 2.0, hasta que la densidad máxima (búsqueda en theta, phi) se vuelve más baja que la densidad predeterminada.
• Mejorado, rediseñado el diálogo de creación de Orbital- & gt;
• Los orbitales H están funcionando bien en Gamgi. Buscando ahora los mejores valores predeterminados.
• Agregó todo el código necesario para construir y representar orbitales H.
• Código H orbital optimizado para velocidad.
• Para todos los orbitales basados ​​en Hidrógeno desde n = 1 a 6, se calcularon las distancias para la polinomia máxima radial.
• Para todos los orbitales basados ​​en hidrógeno de n = 1 a 6, se calcularon las distancias para los ceros de polinomia radiales.
• Ahora se pueden crear objetos orbitales, escalar (alrededor del centro actual), mover, rotar, como cualquier otro objeto Gamgi.
• Completó el diálogo Orbital- & gt; Crear para construir orbitales basados ​​en hidrógeno.
• Escribió el código del motor gráfico para representar orbitales basados ​​en hidrógeno en modo de puntos.
• Agregó y probó los orbitales s, p, d, f, g, h basados ​​en hidrógeno para n = 6, en coordenadas cartesianas x, y, z.

Requisitos :

• GTK +