Marvin

El proyecto Marvin ofrece una colección de herramientas Java para el dibujo, la visualización y la caracterización de estructuras químicas, subestructuras y reacciones.
Marvin se puede instalar fácilmente en tu escritorio y perfectamente integrado en las páginas web y aplicaciones de terceros a través de su interfaz de programación de aplicaciones (API).
La familia Marvin consta de las siguientes herramientas:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Los applets o frijoles?
Marvin está disponible en dos paquetes, dependiendo del uso:
* Marvin applets para el desarrollador web
* Frijoles Marvin para el escritorio del químico y para el desarrollador de software.
Marvin applets son herramientas para la creación de páginas web químicos, que son compatibles con la mayoría de los navegadores (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) Ofrecen acceso desde / hasta el Javascript y son personalizables por los parámetros del applet.
Frijoles Marvin son aplicaciones fácilmente instalables para el escritorio y herramientas para la integración de las capacidades de Marvin en cualquier aplicación Java

¿Qué hay de nuevo en esta versión:.

• MarvinSketch:
• búsqueda de base de datos pública en chemicalize.org.
• Posibilidad de cambiar el orden de ligando en MarvinSketch.
• Fog-efecto pueden controlarse de varias maneras:
• Existe un control deslizante en la ficha Visualización del cuadro de diálogo Preferencias en el bosquejo / Ver GUI para definir la intensidad de la niebla-efecto y una casilla de verificación para desactivar la niebla-efecto automático.

parámetros
• Applet y frijoles se introducen: fogFactor, automaticFogEnabled. (Tema del foro).
• Adjuntar a un punto de unión del grupo no desagrupar automáticamente el Sgroup más.
• Determinación del contenido de S-grupo:. Múltiples y genéricos S-grupos tienen que contener toda la subgrafo entre los bonos que cruzan los soportes
• Actualización de contenido S-grupo si cambian las posiciones del soporte: o soportes o la estructura se mueve
.
• incrustación S-grupo y la superposición se verifican en los controles de consistencia de moléculas.
• SMARTS importación apoya carbonos alifáticos con doble enlace (tema del foro).
• SMILES importación / exportación apoya alenos.
• Generar nombre tradicional de fragmentos dentro de un complejo más amplio (por ejemplo, & quot; dextrometorfano bromhidrato & quot;).
• Soporte para CAS conversión número.
• La mejora de la corrección de errores de OCR en DocumentExtractor (comas que faltan, tipo paréntesis mal reconocida, espacios adicionales, ...).
• Document Extractor en documentos PDF ahora da el número de la página de resultados.
• Mejorado el soporte para nombres comunes en-estructura-de nombre y de nombre a la estructura. El apoyo general a nombre de las importaciones aumentó en un 5% para el común y el 10% para los nombres sistemáticos. La velocidad de conversión se incrementa en un 20%.
• JChem y Marvin Frijoles instaladores para Windows también extraen script de shell para cygwin.
• Preservar grupos exocycyclic en marcos Bemis-Murcko.
• halógena puede tener más de una conexión durante la enumeración.
• bonos aromáticos se consideran durante el cálculo del número de enlaces dobles para la comprobación de propiedad homología.
• modo de selección de Lasso se puede configurar para que sea el predeterminado en MSketchPane (tema del foro).
• Una nueva función, isChiral ha sido añadido a TopologyAnalyzer.
• Nueva chmical Términos funciones: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Corrección de errores:
• cuadro Nombre no se actualiza después de la creación del grupo debido a la creación de un grupo no aumentó gráfico recuento cambio invariante (tema del foro).
• aplicación MarvinSketch no entendía & quot; - {nombre} & quot; parámetro de línea de comandos.
• Cuando la Estructura & gt; Encuentra estructurar menú en línea fue invocada bajo Linux, el navegador por defecto no se pudo detectar a mostrar resultado (tema del foro).
• La carga del archivo de la memoria caché isotopes.data java falló si su versión sin comprimir se almacena en la memoria caché (es decir, si la descompresión se realiza automáticamente por el servidor web, y no por Marvin). Tema del foro, documentación.
• Los objetos gráficos no se visualizan en la ventana de resultados Geometría Plugin.
• En la flecha de flujo de electrones, la caja azul para destacar se perdió (tema del foro).
• para ligando no se visualiza en el cadalso, si se suprimen las definiciones, incluso si el & quot; Always & quot; opción de visualización se fijó para el & quot; ligando pedidos y quot; en el diálogo de preferencias.
• Índice del átomo multicéntrico se corrompió después de exportar a formato MDL Mol si estuviera conectado a un grupo R.
• Flecha pegado a rectángulos fue dañado durante la importación / exportación (tema del foro) Mrv.
• Importar del péptido 1-carta falló en una única histidina (tema del foro).
• hidrógenos implícitos faltaban mediante la importación de SKC.
• valor de la propiedad Null de MolAtom no fue exportada / importada en formato Mrv.
• Al importar ciertos SMARTS, tipo de enlace mal se determinó en lugar de enlace simple o aromático.
• Ciertos soportes importados de archivos Cdx dibujadas en ChemDraw se exhibieron en la dirección equivocada.
• SMARTS exportación:. 1 átomo enlace simple vecino de un anillo aromático se exporta como enlace simple en lugar de solo / aromático
• Exportación de consultas con nodo de enlace y grupos R en formato SMARTS no son correctos.
• El manejo átomo de H era ambiguo en SMARTS expresiones.
• Mol archivo comentario importación campo falló.
• La importación de ciertos SONRISAS estaba mal (tema del foro).
• Si la plantilla contiene una parte de la cadena que puede ser situado en la diana como parte de una (o sistema de anillos) anillo debemos ignorar que parte de la plantilla.
• El fino con Hydrogenize opción de Clean3D no desagrupar S-grupos de forma automática (tema del foro).
• Molecule.contractSgroups () en mal estado las coordenadas de moléculas (tema del foro).
• hidrógenos explícitos no se tengan debidamente en cuenta en el cálculo estereoquímica cis / trans.
• generador Tautomer lanzó ArrayIndexOutOfBoundsException en algunos casos.
• enumeración homología produce moléculas incompatibles respecto de alguna entrada VMN.

Cuenta
• carga incorrecta después de aplicar fijador CovalentCounterion.
• El formato de salida de registro de línea de comandos StructureChecker difería del formato de salida del asistente.
• ChiralFlagErrorChecker no manejar correctamente quiralidad. En lugar de calcular la quiralidad de los datos de paridad, se utiliza una implementación basada en el método de isChiral TopologyAnalyser.

¿Qué hay de nuevo en la versión 5.4.0.1:

• Highlighting de flechas de flujo de electrones fue mal cuando la base o punto final fue un (tema del foro) bonos.
• Configuración menú Serializado no funcionaba.
• El índice del átomo multicéntrico fue creado de forma incorrecta durante la exportación MDL molfile en caso de estructuras en las que el grupo R se conecta al átomo multicéntrico (bonos de variación de posición).
• hidrógenos implícitos que faltaban de los átomos después de la importación o la pasta de estructuras en / Symyx formato de archivo Sketch (formato de archivo SKC) ISIS.
• archivos CDX incluyendo objetos gráficos girados exportados desde versiones antiguas de ChemDraw no podía ser importado.
• cálculo Tautomer
• tautómero Genérico no era lo suficientemente único en algunos casos. Debido a la revisión, el tautómero genérico se proporciona forma aromática.
• cálculo tautómero Canoncical se ha mejorado debido a la revisión de desaromatización.
• Ciertas estructuras con hidrógenos explícitas relacionadas con bonos cuña dieron una excepción durante tautomerización genérico.
• El cálculo del volumen faltaba cxcalc.
• Estructura del inspector lanzó NullPointerException en lugar de ignorar el archivo de configuración incorrecta.

¿Cuál es nuevo en la versión 5.1.03.2:

• IUPAC Nombre importación: la conversión de nombres IUPAC para las estructuras.
• OLE 2 de apoyo:. Soporte mejorado de pegar MarvinSketch objetos en documentos de MS Office
• Términos químicas:. Disponible de Marvin en la línea de comandos, API y se pueden usar en los scripts de Java (applets)
• inicialización de MarvinSketch y MarvinView en el inicio, tanto como versión independiente acelerada, y como componente aplicado en otras aplicaciones.

Requisitos :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment